盖亚奥特曼所在的世界里，炼金之星总部。
我梦找到了这里，丹尼尔给他查看着之前所有过的战斗记录。
金属生命体阿帕苔，阿帕苔，来自宇宙的金属生命体。身体的形状可自由变化，从飞行形态变成了模仿盖亚奥特曼的人型形态，进而使身体分裂成8根巨大的长矛状，可以进行丰富多彩的攻击。在人型形态中，右手可以变为长剑，肩膀和腰部也可以出现防具。通过广播卫星的电波捕捉到了新闻节目中播放关于盖亚的信息，向着发信地东京进发。
以飞行形态进入大气圈内，突破了GUARD欧洲警戒网，在中东沙漠上空**IG的战斗机拦截，不久后以盖亚的数据基础变化为拟人型将XIG的两架战斗机击落，高山我梦变身为盖亚·奥特曼登场应战。起初阿帕苔在和盖亚的格斗战中并不占优势，被盖亚压制，而后运用了自身变幻自如的攻击折磨盖亚，使盖亚渐渐体力不支落入下风，在受到盖亚量子流线的攻击一度受挫倒下，而后重新站起即将给予盖亚致命一击时被突然出现的阿古茹·奥特曼使用光子粉碎机消灭。
超空间波动怪兽美扎德，来历不明的超空间波动生命体。在根源的破灭招来体对地球展开行动之后，对人类抱有某种莫名的兴趣的美扎德种族，也朝着人类袭击而来。美扎德先是变化为和海蜇相似的形象，突然在414-C3地区的临海都市中心城市地带出现，利用崩坏物质分子的方式将周围的建筑全部破坏，导致临海城市大面积严重沙漠化；同时，美扎德也利用自己窥视记忆的能力，读取困在沙漠城市中的人们的记忆。
XIG出动迎战美扎德，但由于美扎德的波动生命体特性，XIG闪电队的导弹等攻击都被量子移动躲过，无法命中。高山我梦通过超精密仪器扫描发现了美扎德的真身后，和城南大学实验室展开合作，针对美扎德的能力而制造出了能发射引导波的微波照射装置，将美扎德诱导到了宏观世界中来，所有的存在都集中到了一个点上并实体化。闪电队趁此时对美扎德发动集中的炮火轰炸，将美扎德击落。
然而，被击落的美扎德并未死亡，而是变化为狰狞的怪兽姿态登场作战，轻松击落了闪电队的战斗机。我梦变身为盖亚·奥特曼登场，和美扎德展开战斗。美扎德先后从背部和口中放出时空波光线，更用触手缠绕来放出电流攻击盖亚，一时间压制盖亚；后来在闪电队的火力掩护下，盖亚挣脱束缚，施展必杀技光子冰刀杀死了美扎德，而美扎德被消灭时全身燃起的大火，后来也被盖亚的「盖亚暴风雪」扑灭，事件到此告一段落。
超空间波动怪兽·沙伊哥美扎德，是以前出现的超空间波动怪兽·美扎德同种族的存在，和美扎德一样，而沙伊哥美扎德对人类、尤其是在意识这一方面更是兴趣浓厚，于是利用催眠能力向人类袭来，展开自己的实验。
沙伊哥美扎德先是袭击了美国的一个度假地小镇，利用和手机铃声相似的音波展开催眠，控制了所有的镇居民，并引发居民自相残杀的大暴乱。美国政府介入镇压，并封锁了该地区，沙伊哥美扎德也同时撤走，在一个月后来到日本，又选定了山梨县的城岩温泉乡作为自己新的实验场所。沙伊哥美扎德用老方法控制了温泉乡的居民们，但在实施过程中，发出的音波干扰了正在进行拍摄工作的录像带，将沙伊哥美扎德控制美国度假地居民暴乱时的画面流出，还被少年佐藤隆意外录下，寄到了KCB电视台，引来了外部的关注。
KCB的田端等人来温泉乡采访时，遭到沙伊哥美扎德控制的居民攻击，三人失散，田端在逃亡过程中遇见了先前躲藏起来的少年佐藤隆，了解到了手机催眠的事情。与此同时，XIG侦测到温泉乡发出的怪异电波，高山我梦驾驶EX战斗机赶来调查，发现了遇险的田端和佐藤隆。也在这时，沙伊哥美扎德现出真身并攻击我梦。高山我梦用微波装置照射的诱导波，破解了沙伊哥美扎德的波动生命体状态，并将其击落，但沙伊哥美扎德也在同时变化为战斗用的怪兽姿态。
高山我梦变身为盖亚·奥特曼登场，和沙伊哥美扎德作战。一开始，盖亚能有效地打击沙伊哥美扎德，但沙伊哥美扎德随后便以时空波光线回击盖亚，还利用催眠能力控制的温泉乡居民为人质，让盖亚无法攻击，沙伊哥美扎德更趁此时用电击重创盖亚，占据了上风。吉井玲子情急之下朝沙伊哥美扎德开枪，打断了怪兽对奥特曼的攻击，沙伊哥美扎德用光线攻击吉井玲子，但被藤宫博也变身的阿古茹·奥特曼抵挡。沙伊哥美扎德放开盖亚，转而攻击阿古茹，但反被阿古茹的投技重创，最后被阿古茹的必杀技光子粉碎机消灭。
超空间波动怪兽·沙伊哥美扎德二代，之前出现的沙伊哥美扎德的同类，外貌和沙伊哥美扎德十分相似，最大的特征与不同则在于腹部长有第二张脸。同样地，沙伊哥美扎德二代也是抱着人类的意识的兴趣而来，在通过虫洞来到地球的同时，沙伊哥美扎德二代在空中释放出大量的幻觉诱发粒子，干扰电子仪器的同时也攻击人类的记忆神经，制造出各种幻觉令人类深陷其中、无法自拔。
沙伊哥美扎德二代还特别针对防卫组织XIG的通讯员-佐佐木敦子而动作。沙伊哥美扎德二代干扰了佐佐木敦子的部分记忆，将敦子小时候丢失的人偶·莉莉娅部分的记忆巧妙地修改，捏造出童年好友莉莉娅这个存在，让敦子错认为莉莉娅是个真实存在的人。在敦子因为在和沙伊哥美扎德二代的战斗中操作失误一事而被暂时遣返地面休假时，沙伊哥美扎德二代又制造出莉莉娅的幻觉形象，任意地蛊惑并控制敦子。
高山我梦通过解析幻觉诱发粒子，查清了沙伊哥美扎德二代的能力，更追踪到了怪兽的大致位置。XIG和G.U.A.R.D通信总部展开电波管制作战，切断电波而找出了沙伊哥美扎德二代的确切位置。在猎鹰队的炮火攻击下，沙伊哥美扎德二代现出怪兽化姿态，击落了猎鹰队的战斗机，随后又和高山我梦变身的盖亚·奥特曼展开战斗。
沙伊哥美扎德二代通过幻觉控制敦子时、吸收了敦子的精神能量加强自身，再凭借闪电光线等技能，一度令盖亚难以占据优势。
关键时刻，敦子在姐姐的帮助下回想起了真正的过去，被篡改的记忆恢复正常，幻觉莉莉娅同时被破除，导致精神能量的吸取中断、沙伊哥美扎德二代自身也受到影响而被虚弱。盖亚抓住时机展开反击，以连续踢击重创沙伊哥美扎德二代，随后施展必杀技「量子流线」击杀了怪兽，沙伊哥美扎德二代在烈火中被消灭。