太平洋的海底，突然隆起来了一个神秘的超古代遗迹。
从那里出现的邪恶魔鸟，怪兽佐加支配了整个天空。
虽然迪迦奥特曼和丽娜一起把它消灭了。
但是，新的危机才只是刚刚的开始。
神秘的超古代遗迹，狂暴的闪电肆虐。
神秘的黑雾，开始从遗迹向着世界各处席卷开来。
天空被遮蔽，大地被掩盖。
黑暗的世界，就像大古梦中的那般，已然出现。
“你觉得我们能赢吗？如果，我们的命运注定最终要灭亡的话......”
白雪号上，丽娜对着大古有些不自信的说道。
“这是什么命运。我们一定要改变它！”
大古的坚定回答，让丽娜动摇的心也开始稳固了下来。
伴随着闪电，海底的遗迹开始上浮露出水面。
“啊！到底发生什么了！”
收到剧烈的海水波动影响，前往勘察的崛井和新城两个人，新城用力地握着架势杆说道。
“那个大黑影是什么东西！”崛井这时候突然看到了收集器捕捉到的现场图像，震惊的说道。
长眠于此的黑暗的支配者。经过三千万年的休眠，终于要再次苏醒，为了夺取这个世界而让世界陷入绝望的黑暗。
“总部！总部！”
海豚号失去了和总部基地的联系。
“海豚202号，，快回答！崛井！新城！”
作战室内，不管宗方如何呼叫，都再也听不到两个人的回应。
“海底，到底出了什么事情？”居间惠队长很严肃的问道。
众人摇摇头，大家都不愿意去想那个结果，那个两人可能再也回不来的结果。
“佐加朝着首都中心攻来了！”野瑞这时候报告说道。
“啊啊啊！！”
“救命啊啊啊！！”
“快跑！！”
佐加在城市中毫无顾忌的尽情毁坏着，地上的尽是些四散逃走的，绝望的人类。
“所有的运输系统都已经停止了，请迅速到地下避难！迅速到地下避难！”
“请到地下避难！快点！”
警务部队的广播声配合着城市里的爆炸声音响起，人们朝着地下的防空设施里拼命地跑着。
“迪迦奥特曼！一定会收拾它的！”
某个孩子，看到和平的城市被摧毁的这样惨不忍睹，愤怒的呼喊着。
“不仅仅是日本，世界其他地方呢？”居间惠队长急忙问道。
“是！”
野瑞急忙调出了现在世界上各个主要城市的实时视频，大都是一样的，被佐加摧毁殆尽的惨状。
“怎么回事！”泽井总监很难相信的说道。
“TPC美国支部的布鲁特队，全军覆没了！”野瑞及时报告的说道。
“啊？......天啊！......”这时候，野瑞突然发现了一个很严重的事态。
面前所有计算机的屏幕，开始出现了宕机的提示！
“怎么了？！”宗方赶紧过来问道。
“这......这不可能的？”
野瑞完全不会相信，谁会有能力这么快的突破TPC计算机的防火墙，猎场看守人的系统也在，不可能这么快就被侵入的。
但是没有几秒钟的时间，所有计算机的屏幕，已经完全无法工作了。
“出了什么事？”看着着急的野瑞，居间惠队长也开口问道。
“有东西侵入我们基地了！”野瑞急切的说道。
“你说什么？”一向沉着的泽井总监，这时候也第一次露出了紧张的神态。
“大古！你看基地！”
“黑雾！”
飞回到基地的丽娜和大古两人，这时候看到的，是那神秘的黑雾，正在由下而上的，一点一点的将基地包围笼罩着。
“你说什么闯进来了？马上通知警务局来处理！”吉刚局长这时候还妄想着是普通的敌人入侵，对着野瑞下令说道。
“可是......没什么东西被破坏，安全防御系统也没有启动，而且也没有质量的反应.....不可能！实在是太奇怪了！”
野瑞对面前发生的一切找不到任何合理的解释，心态有些爆炸。
“怎么了野瑞！冷静一点！”宗方镇定喊着。
“基地的底下，有东西往上冲上来了！”野瑞说道。
这时候，作战室里的灯光设备突然的熄灭，所有人陷入了黑暗当中。
丽娜和大古，此刻也是刚刚赶回了这里。
“发生了什么事？”吉刚也开始有些慌了，急忙问道。
“不可能的......我不相信！”
一直相信科学的野瑞，这时候对待这种科学无法解释的神秘现象，开始慌乱了起来。
“野瑞！千万不要慌！”
宗方的厉声提醒，总算是让野瑞回到了平时的心态。
“......我现在切换到辅助系统！”
野瑞说完，就跑到了后面的主计算机的机箱那里，开始手动操作转换了起来。
切换到辅助系统后，主计算机开始重启运行，房间里的灯光也开始重新亮了起来。
“F4机库出问题了！”
八尾博士这时候急忙的跑到了作战室内，对着众人着急的说着。
因为黑雾的入侵，F4内的亚特迪斯号也开始受到了些许的影响。
警务局的工作人员不管用什么样的武器对着黑雾进行攻击，都是徒劳无功。
“胜利队总部！胜利队总部！”
攻击完全的阻止不了黑雾的入侵，工作人员只能绝望的呼叫着。
“机库的职员在亚特迪斯号里面避难，把亚特迪斯号吊上飞行轨道！”八尾博士这时候也很着急的说道。
“明白！”丽娜点点头，立即着手操办。
“把F4机库的操纵系统输到这边来！”丽娜和野瑞说道。
“好！”野瑞立即点头答应，开始帮忙操作起来。
“把亚特迪斯号吊到2号轨道。”丽娜继续说道。
亚特迪斯号开始缓缓地被转移，做好了随时出发的准备。
“联络下层部的警卫班！”居间惠队长立即下令说道。
“这里是司令室！第三区域请回答！第三区域！”
不管野瑞怎么呼喊，都得不到回复。
“我自己过去！大古！”
“明白！”
已经按捺不住的宗方指挥，为了保险还是叫上了大古一起，两个人准备出发前往基地的下层，去救助那些失去联系的工作人员们。