1862年——1871年清军攻破天京，亡太平天国。陕甘、新疆相继爆发回乱。
再说太平天国丢了安庆之后，向西发展受阻，只得专心向东发展。李秀成率军攻克宁波，再克杭州，再攻上海。
英法联军在上海布防，并且用军舰接来李鸿章率领的淮军。华尔率领的“洋枪队”吸收当地的中国人入伍，扩编为五千人。中外各路兵马合力抗拒太平军。
太平军人数虽多，火力不行，进攻上海失败。
中外联军乘胜反攻，攻陷宁波。
曾国藩在西路也趁势向天京逼近，连下数城，杀至雨花台（江苏南京雨花台区）附近。清军完成对天京的战略包围。
洪秀全急调各地太平军回京勤王。
李秀成放弃东征率军回援。在他走后，东征攻占的城池陆续丢失。
李秀成赶回天京，指挥部队向湘军大营发起猛攻。两军大战44天。湘军损失三分之一。太平军损失更严重，不得不主动撤围，退入天京。
天京军资储备不足，缺衣少食，饥寒交迫。洪秀全担心军心不稳，让李秀成渡江北上筹集粮草。
李秀成率军渡江之后往西打，希望逼迫湘军撤围西返。
但曾国藩不为所动，趁机向天京发动进攻。他的弟弟曾国荃率领湘军攻陷雨花台，迅速推进到天京城下。
洪秀全乱了方寸，急令李秀成率军回援。李秀成无奈只得放弃西征，率军南渡长江。
曾国藩指挥江北军队对李秀成围追堵截。李秀成不惜一切代价往回赶，冒着清军密集的炮火强渡长江。太平军一去一回损失了十几万人，元气大伤。
回到天京的李秀成劝说洪秀全放弃天京，以运动战跟清军周旋。
洪秀全断然拒绝，称：“朕铁桶江山，尔不扶有人扶；尔说无兵，朕之天兵多过于水，何惧曾妖（指曾国藩）者也乎。”
清兵和洋兵步步逼近。太平天国不断丧师失地，最终只剩下天京孤城。
1864年，无计可施的洪秀全服毒自杀。
也有人说洪秀全是食物中毒。临死时，他对身边的人说，你们给我顶住，我去西天找我父兄借兵。很快就会有天兵天将下凡救我们。
太平军一直坚守到弹尽粮绝也没等到天兵天将。湘军炸开城门冲了进来。李秀成只得带着洪秀全的儿子夺门而逃，在逃跑途中双双被捕、被杀。
李秀成写下十多万字的自供状试图求得坦白从宽，但写完之后还是被杀掉了。
洪秀全的儿子洪天贵虽然只是个十几岁的孩子也惨遭杀害，并且是千刀万剐。
坚持了十几年的太平天国终于烟消云散。
不过太平天国虽然灭亡了，太平军还继续坚持了很长时间。北方太平军残余和当地捻军联合以运动战、游击战与清朝周旋。
捻军又叫捻匪。“捻”是淮河一带的方言，是一股一拨一伙的意思。他们本来是活跃在淮河流域似匪似盗的非法组织，在太平军北上时群起响应加入了太平军。不过他们的加入属于“听封不听调”，仍然保留自己编制。
太平天国灭亡后，捻军恢复匪的状态，不再为建邦立国奋战，仅仅为了江湖存身。残余的太平军反过来加入了捻军一起行走江湖。
清军围剿一直不见成效。清廷就把剿匪的任务交给了李鸿章的淮军。
李鸿章不负众望最终平息了捻乱。他因功被封为湖广总督，跟老师曾国藩平起平坐。
洪秀全和太平天国到此就算告一段落。
还好，太平天国失败了。如果太平天国取胜，中国就有可能成为一个政教合一的国家。那我们过礼拜天就得真的要去做礼拜了，并且要过和尚尼姑的日子。不过，洪秀全毕竟是为了一种理想、一种信仰而战，不是为了私利私欲。他领导的太平军还是当得起起义军三个字的。
汉人将领在剿灭太平军和捻军过程中起到关键作用。战争结束后，慈禧封曾国藩为侯爵，封曾国荃、李鸿章、左宗棠等为伯爵。
不过曾国藩兄弟在战后落下个外号“曾剃头”、“曾屠户”。因为他们杀人太多了。曾国荃攻破天京后，以搜查太平军的名义屠城。“三日之间毙贼共十余万人，秦淮长河，尸首如麻”。“沿街死尸十之九皆老者，其幼孩未满二、三岁者亦斫戳以为戏。匍匐道上，妇女四十岁以下者，一人俱无；老者无不负伤，或十余刀，数十刀，哀号之声达于四远”。当时城中只有万余太平军。曾国荃所杀的“贼”里面大部分是无辜的百姓。这是湘军版的“南京大屠杀”。
清朝在平定太平天国之后进入相对的安定期。
虽然各地仍有太平军或捻军残余，但已无关大局。唯一麻烦点的是陕甘地区回民变乱和新疆回民叛乱，清廷派左宗棠率军去围剿。
列强和清朝联手剿灭了洪秀全以后，关系进入蜜月期。偶有龌龊也是因为民间对洋人、洋教的抵制。各地都有百姓怒砸教堂、杀死洋人的骚乱发生。清廷尽量处理得让洋人满意。
1864年，新疆库车爆发叛乱。
清朝的伊犁将军常清急派一千清兵前去平乱。但清兵还没赶到库车，库车就已经被叛兵攻陷。叛兵以当地阿訇（相当于牧师）热西丁为首在库车建立了一个政教合一的割据政权。
热西丁是一个狂热的宗教JD分子，喊出“伊斯兰的宝剑已经砍到了异教徒的头上”的口号，煽动维吾尔人屠杀满、蒙、汉、藏、回等非维吾尔族人。
热西丁分兵四出，沿途大杀所谓“异教徒”和“叛教者”。南疆地区随即骚动起来。
迪化（乌鲁木齐）的回族阿訇妥明也趁机聚众作乱，攻击满、蒙、汉等族。北疆也跟着乱了。
当时清廷正全力以赴对付太平天国，无暇顾及新疆，希望新疆靠自身力量平乱。但新疆驻军只有万把人，根本无力对付已呈燎原之势的全疆大暴乱。
很快，伊犁地区也爆发叛乱。叛兵攻陷伊犁将军的驻地惠远（新疆伊犁霍城县）。伊犁将军全家自焚而死。叛军首领艾拉汗在伊犁自立为苏丹（相当于国王）。
清军在叛军的攻击下节节败退，最后只剩下东疆少数地区。
喀什的柯尔克孜族首领司迪克为了抵抗热西丁请浩罕汗国出兵援助。浩罕汗国对喀什垂涎已久，立即派大将阿古柏率军进驻喀什。阿古柏进了喀什，反客为主，鸠占鹊巢，把司迪克赶跑了。
阿古柏和热西丁对决，大胜热西丁。阿古柏相继占领南疆八城，建立了“哲得莎尔”汗国。
做了大汗的阿古柏开始新疆统一之战，率军北上跟妥明决斗。阿古柏在决战中再次胜出，逼降了妥明。
新疆大部已归阿古柏所有，只有西部的伊犁和东部的哈密在维吾尔叛军和清军手中。
阿古柏率军杀向伊犁。
沙俄对伊犁早已垂涎很久，绝不允许阿古柏染指。
沙俄早在艾拉汗占据伊犁后便准备出兵争夺伊犁，派出间谍入境侦察。结果间谍或被当地人打死，或被活擒。
沙俄便以此为借口，出兵伊犁。
1871年，沙俄军队打着替清朝收复叛乱地区的名义杀入伊犁。
艾拉汗正在全力以赴应对阿古柏的进攻，没想到沙俄在背后捅了一刀，很快败退下来。
沙俄抢在阿古柏之前占领了伊犁地区。艾拉汗战败被俘。
沙俄派人去找阿古柏，以承认“哲德沙尔”汗国为条件，跟阿古柏签订通商条约，向阿古柏出售军火。它一面扶植阿古柏，一面假惺惺地向清朝表示：一旦清军收复新疆，伊犁“即行交还”。它认定清军没有能力收复新疆。
当时清军正忙于平定陕甘回乱，无暇顾及新疆。
时任陕甘总督的左宗棠强烈要求收复新疆。清廷一边跟俄国人进行外交交涉，一面让左宗棠加速清剿陕甘回乱，准备进军新疆。