,1636年——1642年?皇太极称帝建清。松锦大战，明军精锐尽失。李自成等变民东山再起。
称帝后的皇太极派兵十万杀向北京。清兵从喜峰口（河北唐山迁西县境内）杀入明朝境内。明军退守居庸关又被明军攻破。清兵杀入京畿，连下昌平，良乡（北京房山）、宝坻（天津宝坻）等城，劫掠一番后扬长而去。
皇太极用炫耀兵威的方式向崇祯通报他称帝的消息。
崇祯急忙把剿匪部队调回北京去防御清兵。
但是皇太极没有急于跟明朝决战，而是出兵第二次征服朝鲜。
先前朝鲜战败向后金称弟纳贡，但暗中仍然尊明朝为宗主国。皇太极向朝鲜借船借粮去打明朝，全被朝鲜托辞拒绝。皇太极称帝后，朝鲜使臣拒绝按臣礼参拜皇太极，不承认皇太极是皇帝。
皇太极大怒，亲自带兵去打朝鲜。
朝鲜受到进攻急忙向明朝求救。崇祯派山东水军前去救援。但明军援军刚到皮岛，朝鲜就败了。朝鲜向皇太极称臣，成为清国的属国。
皇太极拿下朝鲜后派孔有德、耿仲明、尚可喜率领清军水军去打皮岛。双方经过七个昼夜的激战，清军终于拔掉皮岛这颗钉子。
后金从此再无后顾之忧。皇太极开始放心大胆地跟崇祯争天下。
1638年，清兵12万兵分两路杀入京畿。
明军先前被清兵攻破了居庸关，亡羊补牢加强了居庸关的防守。但从山海关到北京的长城防线有一千多里，清兵已经完全占领了长城以北，可以随意选点攻入长城。他们这回从居庸关和山海关之间的墙子关、青山关杀了进来。
蓟辽的总督、总兵领兵迎战，试图把清兵堵回去，结果兵败被杀。
清兵长驱直入，屯兵牛栏山。他们没有进攻防守严密的北京城而是绕过北京往南边打，打到涿州后往东打，最后从山东北返，围着北京整绕了一大圈。
宣城总督率军拦截清兵，力战而死，全军覆没。病退在家的孙承宗起兵抵抗，在城破后自杀殉国。
崇祯急令洪承畴和陕西巡抚孙传庭进京勤王。等他们率兵赶到北京，清兵已经带着战利品满载而归。
清兵本想从山海关回去，但久攻不下只得从青石关原路返回。
清兵此番南侵历时半年，深入两千里，攻破京畿43县、山东18县，掠走人口46万、财物无数，与明军交战33次，全部获胜。
清兵走后，崇祯下令将遇敌而逃的36名带兵之将和监军全部砍头。清兵如此猖狂跟明军畏敌惧战有很大关系。
战败的另外一个原因是明军战斗力差，兵力不足，防线漏洞百出。
战斗力差，他一时半会想不出好办法解决。他想先解决兵力不足问题。
兵力不足使崇祯在应对内忧外患时捉襟见肘。他一会拆东墙补西墙，一会拆西墙补东墙，结果两墙都没补好。洪承畴、孙传庭率军北上，已经基本平息的陕西农民军又死灰复燃。李自成趁机东山再起。
崇祯下令训练新军，扩充军队。
但是训练新军、扩张军队都需要钱啊，他不得不再次加税，向百姓征收“练饷”。
“辽饷”、“练饷”，后来又增加了“剿饷”，百姓的税负越来越重。百姓对政府的怨气也越来越大。但局势所迫，崇祯也顾不得这些了。
崇祯任命洪承畴为蓟辽总督，加强长城一线的防守；任命孙传庭为保定总督，负责河边、山东防务。
1640年，清军再攻锦州。
之前皇太极打过锦州，被明军的大炮轰回来了。之后他宁可翻山越岭绕路进中原也不愿再碰锦州。但是爬山越岭太费时间太费力气，重装备也不得带，还得担心锦州抄他后路，进了中原只能劫掠一番赶紧回来。现在他准备跟明朝决战，那就不能再绕着走，必须从正面打开明朝大门，拿下锦州。
以前不敢打锦州也是因为怕明军的大炮。现在清兵也有大炮了，还怕啥？
清兵大举进攻锦州。
守锦州的是祖大寿，他一面率军死守，一面向朝廷求援。
锦州绝不能丢。崇祯要求洪承畴立即组织兵力救援。洪承畴领旨，率领十三万精锐赶赴锦州。吴三桂那时已升为镇守山海关的总兵，带本部兵随队出发。
明军吸取之前的经验教训，十几万大军抱成一个团向锦州平行推进，步步为营，稳扎稳打。
清兵拿手戏是围城打援。但援军一下来这么多还不给各个击破的机会，清兵无从下嘴。眼看明军步步逼近，清军硬着头皮打了几仗，结果损兵折将，大败而回。
明军顺利到达锦州，在锦州城外的松山扎营，居高临下。
正在家养病的皇太极坐不住了，抱病赶往前线督战。也不知道皇太极得的是什么病，反正是“哗哗”地流鼻血。他一边骑马赶路，一边用碗接鼻血。流的鼻血够做两盘毛血旺。
皇太极来到前线，亲自去侦察敌情。他发现明军的排兵布阵前强后弱，优势兵力都部署在前锋线上，后防薄弱。他当即决定，边路突破，下底传中，绕过对方主力，偷袭明军的粮仓，切断明军退路。
清军依计行事断了明军的后路将明军包围。明军果然军心大乱。
洪承畴毛了。这下不好玩了，后路被断事小，饭没得吃了事大。他决定先撤回去弄着粮食再说。他对各路总兵说：咱来时一块来，走时一块走，一起往外冲，谁也拦不住。
谁知道这帮家伙一听说撤，撒丫子就跑。清军肆意屠杀。明军死伤大半。
明军各部自顾自跑了，把主帅洪承畴扔在包围圈内。洪承畴再想跑，跑不了了。皇太极把松山团团围住，打算把他和明军活活饿死。洪承畴的手下不想做饿死鬼，向皇太极投降，引狼入室。一番血战之后，洪承畴战败被俘，投降了。
祖大寿弹尽粮绝，眼看解围无望也献城投降。明军在长城以北的防线宣告崩溃。
吴三桂逃出重围退守宁远，收拢残兵败将，重新构筑防线。
皇太极本想乘胜追击，但是一朝被蛇咬，十年怕井绳，宁远城让他望而却步。他派出一拨又一拨的人前去招降吴三桂，寄希望于不战而胜。但是令他大失所望的是，他的价码都提到“分茅裂土”的份上——允许吴三桂割据称王——吴三桂仍然不为所动。
皇太极有病在身不能久留，只好暂时收兵回营。
在东北大战的同期，河南发生大旱。饥民遍地给了农民军咸鱼翻身的机会。
张献忠在革命陷入低潮的时候投降了官军，但拒绝遣散军队。洪承畴率军北上后，张献忠再度举旗造反。
李自成被官军击败后逃进商洛山中潜伏，后来听说张献忠重新起事便出山收拢旧部去投奔张献忠。但张献忠出于私心想干掉李自成吞并他的队伍。李自成发觉后赶紧带人逃走。
官府以为李自成早死了，没想到他又出来活动，派兵追剿，把他堵在四川的一个山沟里。李自成出不去了，愁苦之余想自杀了事，所幸被部下拦下。部众见状纷纷离他而去，投降了官军。他最得力的大将刘宗敏也准备投降。
李自成对刘宗敏说：人都说我有做天子的命。你何不替我算一卦试试。如果不是，你把我脑袋砍下来带走，也能去邀功请赏。
刘宗敏还真去算了一卦，证明李自成所言不虚。刘宗敏连算三卦都是一个结果，对李自成深信不疑。刘宗敏从此死心塌地跟着李自成。
李自成放弃辎重，翻山逃走，带着队伍潜入河南。
在河南，李自成不仅扩张了队伍还得到了两位得力助手，牛金星和李岩。
牛金星和李岩不仅帮他出谋划策，还帮他包装形象。
牛金星劝他“少刑杀，赈饥民，收人心”，摆脱盗匪的形象。李岩也劝他注意收买人心，不要再搞“三光”政策。
李自成“性猜忍，日杀人斮[zhuó]（砍断）足剖心为戏”。因为他杀人如麻，名声很不好。所过村镇老百姓见到他都怕得要死，拼命抵抗。
李自成听从他们的建议开始改变形象。他从严肃军纪下手，提出“杀一人如杀我父，淫一人如淫我母”。农民军从此军纪肃然。
李岩打出“均田免粮”口号，还编了一个歌谣教给沿途的小孩唱：“杀牛羊，备酒浆，开了大门迎闯王，闯王来时不纳粮”。他竭力把李自成包装成“割富济贫”的大侠形象。
农民军将抢来的财物拿出一部分赈济灾民。灾民感恩戴德，纷纷加入农民军。李自成的队伍迅速扩大，进攻时遇到的阻力也明显减少。
1641年，李自成攻破洛阳，抓住了福王朱常洵。
朱常洵就是前面提到过的万历和郑贵妃的儿子。就是因为他，万历和大臣们打了十几年的嘴官司。后来太子没做成，朱常洵去洛阳做了福王。因为有万历的倾囊相助，福王是诸王中最富有的王。
李自成抓住他可发财了，从此不愁吃不愁穿。他用王府的钱赈济灾民、招兵买马，队伍很快扩充到几十万，成为农民军中实力最强的人。
李自成把福王杀了，拿福王的血和鹿血掺和着当酒喝，美名其曰福鹿（福禄）酒。
李自成率军攻打开封，久攻不下，“屠密县（河南新密）”后撤走。
李自成还是改不了嗜杀的毛病。他规定“攻城，迎降者不杀，守一日杀十之三，二日杀十之七，三日屠之”。很像当年的蒙古人进中国。
屠城时，农民军如打猎一般围堵城中百姓。步兵逐渐收紧包围圈，骑兵在外围追杀漏网者。待百姓都被拢到一起时，集体屠杀，“无一人得免”。
后来李自成又去打开封，被流箭射中一眼，从此变成独眼龙。李自成大怒，发狠要攻下开封。
他攻城不用云梯，让士卒攻到城下后抠一块城墙砖回来。带砖回来，回去睡觉。没带砖回来，斩。不久，城墙就被抠出一个大洞。他又派人往墙洞里填充火药，告诉他们等骑兵部队过来后就点燃火药炸塌城墙。没想到开封城墙非常坚固，火药爆炸后没炸塌城墙，火力向外迸射反倒把骑兵撂倒一片。
李自成无计可施只得怏怏而去。他攻陷陈州（河南淮阳）后屠城泄愤。
李自成让人联想起红巾军的刘福通。“福通每陷一城，以人为粮食，既尽，复陷一处，故其所过，赤地千里”。
李自成和刘福通都是农民军。农民军是反政府军但不一定就是义军。它反政府同时也可能同样反人民、反人类。他们夺得了政权也不一定会想着为人民谋福利，只是把人民视为自己的财产或者满足私欲的工具而已。