1669年——1683年吴三桂等藩王叛乱，平之。清施琅攻台湾。台湾投降，并入清朝。
康熙夺回大权以后兢兢业业地工作，每天该上朝上朝，该批阅奏章批阅奏章，丝毫不敢懈怠。他一方面珍惜来之不易的权力，另一方面也不想落下话瓣，让人说自己不是金刚钻硬揽瓷器活，废掉辅政大臣后搞得一塌糊涂。
一个十五六的孩子，正是好玩的年纪。但是康熙每天早早爬起来去上朝，风雨不断，一天不落，几十年如一日。
办掉鳌拜后的康熙又开始琢磨着削藩，削掉吴三桂、尚可喜、耿仲明等几个汉人藩王。这几个家伙因为当汉奸“有功”被封为藩王。但是按照兔死狗烹的定律，清朝现在已经不需要他们了。
哪朝哪代也不会允许独立王国长期存在。王权对皇权构成威胁。
吴三桂占据云贵，尚可喜占据两广，耿仲明占据福建，江南基本就在三大藩王手上。
康熙和朝臣们商量我们是不是该考虑撤藩啊。大家意见不一。有说该撤并且越快越好。有说撤藩会激起藩王造反最好缓缓再说。康熙和朝臣开了几次会也没定下来。
恰好这时尚可喜上书朝廷请求病退，把王爵和军队移交给儿子尚之信。
康熙正发愁怎么撤藩，见到尚可喜的奏折大喜，决定顺水推舟先撤了尚可喜的藩。他以藩王尚存，子无移袭之例，不准尚之信承袭王爵。当爹的还没死呢，儿子怎么能继承王位呢？康熙批准尚可喜病退，但要他把军队留下，带着儿子回老家安享晚年。
这实际上等于变相撤藩，不再允许藩王世袭。
尚可喜忠于清廷，接旨之后便准备移交权力，举家返迁。
吴三桂听到消息怒发冲冠。当年冲冠一怒为红颜，如今暴跳如雷为王权。打仗时把我们当狗使，打完仗把我们当肉吃。吴三桂决定造反。
他联系耿精忠希望跟他联手造反。耿精忠半信半疑，犹豫不决。吴三桂提议咱们试探一下朝廷。
他们联名上书康熙说，为了维护国家统一，我们自愿取消王国。
康熙上当了，喜出望外，对朝臣们说不用讨论撤藩了，他们自己撤了，当即下旨批准撤藩，让吴三桂、耿精忠交出军队，回家养老。
吴三桂和耿精忠气坏了，这还不反等什么，反了！
他们打出“兴明讨虏”的旗号起兵造反。大旗一立，南明故地纷起响应。在汉人将领控制下的湖南、广西、浙江、四川、陕西随即宣布加入兴明讨虏的队伍。台湾的郑经也出兵15万登陆福建增援吴三桂。半壁江山转眼不再姓“清”。
但是尚可喜不肯造反，出兵镇压宣布反清的部将。
吴三桂大怒，从贵州出兵占领湖南，然后杀向广东。耿精忠一面派兵夹击广东，一面出兵江西切断尚可喜跟清军的联系。
尚可喜节节败退，一面拼命抵抗，一面向康熙求援。
康熙闻乱大惊，急忙派兵增援尚可喜。但增援部队在江西受阻，杀不进去。
八旗军已不复当年勇。入关以后分了房分了地开始享受小康生活，八旗兵架鹰玩鸟不愿再玩命，战斗力急剧下降。
一年后，吴三桂打到广州城下。尚可喜见大势已去，在后院堆满柴火准备自焚。
尚可喜的儿子尚之信不愿自焚，决定投降吴三桂。他将尚可喜软禁在王府，宣布接任王位，加入兴明讨虏军。
三藩合兵一处，声势更盛。浙江也宣布加入兴明讨虏军。江南几乎已是吴三桂的天下。
但是尚可喜牵制吴三桂一年多，给康熙争取了时间。康熙先是调兵平定了江北，击垮了陕西、四川和湖北襄阳的反清力量，然后调集重兵防守长江沿线，利用长江天堑把战火限制在江南。
在军事解决的同时，康熙发动政治攻势，尽力招抚叛兵叛将。他宣布收回成命不再撤藩，任何人投降都可以官复原职，只有吴三桂除外。
康熙剿抚并用使兴明讨虏军开始出现分化。
耿精忠进攻受挫不愿再打，回兵防御郑经。郑经应吴三桂之邀登陆福建，配合吴三桂打广东。但是打完广东，郑经没有北上打清军而是趁耿精忠北上抢占耿精忠的地盘。两人因此反目成仇。面临清军和郑经的夹击，耿精忠最终选择投降清军，配合清军打郑经。郑经战败逃回台湾。
尚之信投降吴三桂后被吴三桂索要重金助饷，因而反悔，派人去向清军请降。
转眼之间，三藩去了两藩，吴三桂孤立无援。清军随即集中精力对付吴三桂，大举反攻湖南，包围了长沙、岳州（湖南岳阳）。
湖南要是丢了，吴三桂在江西、广东、广西打下地盘都保不住。吴三桂亲自坐镇衡州（湖南衡阳）指挥抗战。两军围绕长沙展开长达两年的攻防战。
1678年，吴三桂为了鼓舞士气，在衡州宣布称帝，分封诸将为公侯伯爵。
吴三桂称帝让他的路走到尽头。他没有恢复大明的国号而是自称大周皇帝。“兴明讨虏”的旗号顿失号召力。最要命的是他过把瘾就死，称帝的当年就中风而死。大周军队士气大挫。
吴三桂死时把皇位传给皇太孙吴世璠。他的长子吴应熊因为做了康熙的驸马一直住在京城。吴三桂起兵反清，吴应熊被康熙抓起来杀了。吴三桂的次子被他过继给哥哥。吴三桂死时只能把皇位传给孙子。
吴世璠当时还没成年，哪能掌控得了局面。大周内部互相倾轧，离心离德。
康熙乘机发动总攻，先后收复湖南、广西、贵州。大周军队全线溃败。吴世璠逃回昆明，负隅顽抗。清军随即从四面八方向昆明包围过来。
1681年，清军与大周军在昆明城下展开决战。吴世璠排出象阵迎战清军。清军以骑兵冲击象阵。大周军五进五退，最终还是溃败下来。
清军扎营盘树壁垒挖壕沟，把昆明团团围住。
半年后，昆明粮尽援绝被清军一举攻陷。吴世璠兵败自杀。
历时八年的反清复明运动终于烟消云散。
“三藩之乱”平息后，康熙以谋反罪杀了尚之信、耿精忠，取消了藩镇。其他参加“三藩之乱”而后又投降清军的叛将也都没落了好下场。
康熙拿下三藩后，一面休整部队，一面琢磨攻取台湾。台湾是他实现大一统国家、大一统皇权最后一个障碍。
郑经败退回台湾后得病而死。他临死时把王位传给长子郑克臧。但是次子郑克塽[shuǎng]的岳父冯锡范想让女婿继承王位，于是发动政变，杀死郑克臧，把郑克塽推上王座。政变使台湾政局混乱，人人思危，离心离德，军心涣散。
“三藩之乱”就因为内讧不断而失败。台湾仍不知道吸取教训。明朝包括南明之所以灭亡，内耗严重是一个重要原因。明朝不是败给清朝，而是败给了自己。
康熙得知郑经死了，台湾政局不稳，认为时机已到，下令进攻台湾。
1683年，清军将领施琅率领两万水军突袭台湾的西大门澎湖列岛。
施琅本是郑成功手下一员虎将，因为和郑成功闹翻，投降了清兵。他擅长水战并且对郑家军知根知底。
施琅杀至澎湖，把兵力分为东西两路，西路佯攻吸引郑家军的注意力，东路迂回到澎湖后面发起强攻。郑家军腹背受敌，很快溃败。守军向清军投降。
澎湖战败震惊了台湾本岛。郑克塽急召群臣讨论战守之策。大家对战和守都没有信心，倾向于逃和降。
台湾在康熙下达禁海令后，各种补给成了问题。台湾在那时就是外向型经济，岛内资源匮乏、人口稀少，对大陆依赖性比较强。台湾被封锁后，别说经济连吃饭都成了问题。士兵的士气大受影响。
更为影响士气的是士兵的思乡情绪。郑家军都来自大陆，离家愈久思乡愈甚，尤其感觉反攻大陆已然没戏，有心投降清朝回家团聚。士兵接连不断叛逃大陆。
康熙在澎湖之战后向台湾摇橄榄枝。台湾于是借坡下驴宣布投降。
郑克塽率领台湾军民剃发易服归顺了清朝。台湾也从此划入清朝版图。
中国自此被清朝统一。