661年——665年刘仁轨收复百济。薛仁贵“三箭定天山”。
661年，tj部署到位。唐高宗下令对高丽发起总攻。
苏定方在南线顺利登陆高丽，沿浿江攻击前进直取平壤。
北线进展不利。任雅相在鸭绿江受到高丽军队的阻击迟迟不能过江。
苏定方连战连胜杀至平壤城下，将平壤包围，但苦于兵力不足，一时难以将平壤攻克。
唐高宗把大将契苾[bi]何力派到鸭绿江帮助任雅相，以期尽快杀过鸭绿江增援苏定方。
契苾何力来到鸭绿江时已是寒冬，鸭绿江江面结了一层厚厚的冰。契苾何力率军踩着冰面杀过鸭绿江，击溃高丽守军，狂追数十里，斩杀三万人。残余的高丽守军向tj投降。
契苾何力乘胜向平壤挺进。
就在这时，北方的回纥人反叛唐朝并且进犯唐朝边境。唐高宗急调契苾何力率部回国。
任雅相继续率军杀向平壤。可就在tj快到平壤的时候，任雅相突然得病死了。北线tj失去统一指挥。
高丽得知这一情况，立即调集主力去攻击北线tj。两军在蛇水（平壤附近）展开大战。一盘散沙的tj被杀得大败，几乎全军覆没。
夹击平壤的计划落空。正在围攻平壤的苏定方决定撤兵。他的兵力不足于对付高丽的内外夹击。
第一次平壤之战就这样无功而返。
tj入朝部队撤走了，留守百济的tj孤立无援。刘仁轨满指望入朝tj打败高丽之后增援百济。谁料想，入朝tj没能打下平壤，无功而返。
唐高宗告诉刘仁轨要不然你们也撤回来吧。言外之意，唐高宗有心放弃百济。
百济的tj也巴不得回国。但刘仁轨认为绝不能放弃百济。他对部下们讲，撤出百济容易，再想打回来就难了。如果让百济跟高丽重新勾结在一起，tj以后再想打高丽也难了。我们留下来就是在敌人的心口上插了一把刀，也给tj重返高丽留下一个落脚点。
百济人不知道通过什么渠道知道了唐高宗下令撤兵的事,派人对刘仁轨讲：你们什么时候走啊？我们来给你们送行。
刘仁轨判断百济叛军这时候肯定会放松警惕，于是下令突袭百济叛军。tj和新罗互相配合夹击百济叛军，一举打破了百济叛军的包围圈，打通了新罗给tj运粮的通道。
百济tj转危为安。
但刘仁轨并不满足，向唐高宗请求援军全面反攻百济叛军。
唐高宗其实也不想丢了百济，马上派去七千援军助战。
刘仁轨得到援军后向百济叛军的大本营发动进攻。百济力不能支，急向高丽和倭国求援。
倭国天智天皇派出千艘战船和四万倭兵前来助战。
刘仁轨得知倭兵到来，分兵迎战，让陆军进攻百济叛军的老巢周留城（韩国扶安郡），自率水军迎战倭兵。
不知道刘仁轨所部有多少兵。如果分出一半兵力打援就是8、9千人，跟倭军是一比五。tj的战船也不多，只有170艘，跟倭军的千艘战舰相比连一比五都达不到。刘仁轨迎战倭军是以寡敌众。
两军开战后，倭军发现tj摆出一字长蛇阵，立即集中兵力攻击tj阵型的腰部，企图将tj拦腰折断，然后各个击破。
tj阵型受到攻击后逐渐被压迫成凹形。倭军以为胜利在望，全力攻击。但是他们没注意自己已经被tj包围。tj向蜂群一般密集的倭军舰船发动火攻。顷刻间，四百搜倭军舰船陷入火海。倭军损失了一半战力，仓皇逃走。
战败消息传回本土，倭国陷入恐慌。倭国人担心tj趁势攻入倭国本土，全国动员抢修防御工事。倭国的国都也迁往内地。
但唐朝根本没有进攻日本的意思，对不与唐朝接壤的土地不感兴趣。
tj赶走倭国人，开始集中力量攻打百济叛军。百济王见大势已去弃城逃往高丽。百济的城池陆续被tj攻克或投降。百济重新被tj收复。
东北战事暂告一段落。北方tj跟铁勒人激战正酣。
铁勒分为九个部落，俗称铁勒九姓，诸如回纥、薛延陀、思结、仆固、契苾等。早先铁勒人追随突厥人。突厥人衰落后，薛延陀自立门户建立薛延陀汗国，成为铁勒人的首领。薛延陀挑战唐朝被灭掉。回纥取代薛延陀的位置，建立回纥汗国，成为铁勒九姓的新首领。
回纥趁tj北伐高丽之计裹挟铁勒九姓发动叛乱。
唐高宗派郑仁泰和薛仁贵率军北伐铁勒。
郑仁泰是唐太宗的亲信，因为在玄武门之变时有功被封为公爵。他能力一般，没立过什么战功，靠着资格老成为tj主帅。不过tj作战主要靠薛仁贵指挥。
薛仁贵在天山（蒙古杭爱山）脚下与十几万铁勒人对阵。对方挑出数十名善战的勇士出阵挑战。薛仁贵单枪匹马出阵应战。他连发三箭射死对方三人，一下震慑住对方。十几万铁勒人不敢跟薛仁贵对阵，下马投降。
军中编歌歌颂薛仁贵：“将军三箭定天山，壮士长歌入汉关”。
薛仁贵三箭定天山的传说就来源于此。
不过对于投降薛仁贵的铁勒人结局悲惨。“仁贵虑为后患，悉坑之”。薛仁贵担心留下后患，把投降的铁勒人全都活埋了。
薛仁贵够狠的。
薛仁贵坑杀铁勒人可能出于两方面考虑，一是斩草除根，以防后患；二是没有那么多兵力看守这些降兵。但无论如何这种拉仇恨、灭人性的做法都是应该受到谴责。事实上，薛仁贵得胜还朝没有得到嘉奖而是受到弹劾。唐高宗将功折罪没有处罚他。
薛仁贵越过沙漠追杀铁勒人，俘虏了铁勒三个部落的首领。
郑仁泰也率一路军杀入天山。铁勒人已被tj吓破胆，不战而降。但郑仁泰不接受投降，纵兵砍杀铁勒人。他不是为了斩草除根而是图财害命，“掠其家以赏军士”。
铁勒人投降都不行只得远逃躲避。郑仁泰派兵追杀，遭到铁勒人的反击大败而回。
tj的侦察兵报告不远处发现大批铁勒人的辎重。贪财的郑仁泰闻讯马上率领一万四千骑兵轻兵赶了过去。
也不知道情报有误还是铁勒人跑得快，郑仁泰追了好久也没追上。眼看军粮已尽，郑仁泰只能回军。回军路上遇到大风雪，tj饥寒交迫，把战马杀了充饥。马吃完了，士兵们开始互相残杀。等回到国内，一万多tj只剩下八百人。
郑仁泰自然也受到弹劾。唐高宗对他也功罪相抵不与追究。
tj军纪差得已跟蛮族相仿。唐高宗下不去狠手整治军纪，使tj名声越来越差。
tj北伐虽然杀了很多人，但并没有平定铁勒之乱。唐高宗只得又把契苾何力派了过去。
之所以派契苾何力去平定铁勒人是因为契苾何力本身就是铁勒人。契苾何力过去可以现身说法告诉铁勒人唐朝并不歧视铁勒人。杀降坑降只是个人的违法行为而不是zf行为。
契苾何力北上之后只带着五百护卫进入铁勒人的营地。通过谈判，铁勒人交出带头叛乱的人，向唐朝投降。
铁勒之乱遂被平定。
如果郑仁泰、薛仁贵这两个叫“仁”的人能讲一点仁义，铁勒之乱早被平定了，也不必大老远把契苾何力从东北前线叫回来。而契苾何力率部回国导致高丽前线缺少精兵强将最终大败而回。主力大败而回坑苦了留守百济的tj。如果不是刘仁轨忠诚神勇，tj在朝鲜半岛将会一无所获。
刘仁轨在百济连征带抚很快使百济安定下来。他还在百济降兵降将中得到两员干将黑齿常之、沙吒相如。这两人不仅在平定百济的战争立了大功并且成为苏定方、薛仁贵之后屡立战功的名将。
刘仁轨在百济给唐高宗上了一道奏折，针对当前军人待遇问题发表自己的看法。他说以前（应该是指唐太宗时期）军人地位很高，大家都乐于当兵。战场立功不仅能得到升官或进爵的荣誉还能得到赏赐、免除劳役等实惠。战死沙场也会得到哀荣，或是皇帝参加祭奠或是zf派人参加葬礼。死者得到奖赏、爵位可以传给家人。军人受到尊重，参军的积极性就高，打仗的士气就高。但在显庆五年以后，情况开始发生变化。
显庆五年也就是公元660年。在这一年，唐高宗因为头疼病越来越严重没法上朝理政，把朝政交给皇后武则天打理。而武则天宠信李义府、许敬宗两个“奸邪之臣”。这两人因为支持唐高宗立武则天为皇后，成为唐高宗的红人。武则天更是对两人感激有加，宠信有加。李、许两人因此控制了朝政。两人排斥异己，、徇私枉法使朝政日益混乱。
刘仁轨特意点明显庆五年这个时间点，实际上就是暗示武则天和李义府等人乱政。
显庆五年之后，官府连参军人员的信息都懒得登记了，更别指望对军烈属的照顾。军人别说奖赏，连基本的物资供应都跟不上，吃不饱穿不暖。服役期任意延长。立功得到的勋爵也没了用途，该服劳役还得去服，该交赋税还得去交。士兵们打仗回来，有功不得赏，无过反倒挨罚。军队的士气跟作战欲望跟以前没法相比。
他的这篇奏章似乎从侧面解释了tj军纪变差的原因。郑仁泰杀降的目的很明确，“掠其家以赏军士”。薛仁贵坑杀降卒的目的，史书没有明说。但他受到弹劾的罪名是“贪淫自恣”。顾名思义，贪就是贪财，淫就是抢renqi女。薛仁贵杀降的目的可能也是为了把人家的财产、妻女作为自己和将士们的犒赏。
为什么要这么做？因为这样做可以提高士气，刺激将士们的作战欲望。朝廷不给，我们就自己抢。唐高宗可能也知道问题的根在上面，所以不好意思处罚郑仁泰、薛仁贵。
唐高宗对刘仁轨的奏章表示同意，派兵替换留守百济的部队。也就是说服兵役的时间任意延长的问题马上得到纠正，但其他问题就没有了下文。