雷电将军雷电影为了躲避磨损，将意识寄宿于佩刀之中，封闭在名为“一心净土”的心象世界之中，外部的繁杂都交给只会不顾一切奔向永恒的人偶来处理。“一心净土”一般只容许自我的存在，但空踏入过，这说明影对空有着足够的兴趣。鸣神大社的宫司八重神子希望空能在“一心净土”中战胜影，扭转她的意志，以此拯救影和稻妻。所以她从散兵手中救出空，并为他安排了“反雷电将军特训”。
眼狩令的颁布与执行，从来都是由天领奉行左右其中，并且助推着法令的进展。每次社奉行呈上反对眼狩令的文书时，天领奉行和勘定奉行都会马上否决。很明显，除社奉行外的两奉行都被愚人众笼络，联合蒙蔽将军。要想破解稻妻的困境，就需要揪出愚人众那边的搅局人，同时空也要再次与将军人偶见面。于是，神子指挥空和社奉行秘密部队“终末番”的忍者早柚找到天领奉行九条家叛变的证据，策反了天领奉行大将九条裟罗。得知眼狩令真相的九条裟罗决定去天守阁纠正圣听，空紧随其后，再次见到了将军和被她接见的罗莎琳。新仇旧恨涌上心头，空向罗莎琳发起御前决斗，强行抹平了稻妻通缉犯和至冬外交使节之间的差距。一番激战后，罗莎琳败在空的手下，按照御前决斗的规矩，败者将被将军处决。灭亡的结局已经注定，罗莎琳却并不甘心，然而将军并不在意她的威胁与恐吓，对罗莎琳降下了神罚。至于作为胜者的空，将军允诺让他站着离开天守阁。
空在昏昏沉沉之中，走出了天守阁。巧合的是，反抗军的众人已击破群龙无首的幕府军，来到了天守阁下。此时，将军忽然在空身后现身，那传闻中“无想的一刀”正向他挥去。眼看神罚即将落下，万叶随身携带的那枚神之眼空壳中竟然再度亮起雷光。万叶挥刀迎上，直面并奇迹般地接下了那一刀。随后，受到万叶此举的激励，反抗军众人的压抑情绪被点燃，向将军发起了最后的冲锋。而千手百眼神像上的神之眼，也随着它们曾经的主人的冲锋而亮了起来。可是空深知反抗军并非将军的对手，而且此刻或许是实施神子计划的好机会，于是他转身挥剑斩砍向将军，“一心净土”再次展开。
单靠空的愿望，无法胜过影的意志。此时，空怀中神子赠予的饯别礼物御守散发光芒，寄宿其中的神子的意志出现，给予空指点。虽然空身在“一心净土”，但反抗军的愿望，早已寄托在他的身上。这些愿望汇聚成七颗元素星辰，让空获得了战胜影的力量。人民的愿望最终叩开了影锁闭的心扉，与神子时隔五百年的见面，也让影放弃了孤独的坚持。后来，她如约废除了眼狩令。在“一心净土”之外，她在世人的眼中同样见到了“永恒”。
风波暂时平息，空应神子的邀请来到神社与她见面。也是在这时，空才知道当时神子从散兵手中救出他的条件便是雷神的神之心。雷神已经与天空岛断绝联系，在她遁入“一心净土”前，将神之心交到神子手上。作为这次拯救稻妻的酬谢，神子为空解答了过往的疑惑，并建议他以智慧之神的国度须弥作为旅途的下一站。
危途疑踪
空因在意层岩巨渊最下方的情况而与派蒙一同前去调查，在层岩巨渊先后遇见烟绯、稻妻人荒泷一斗及其副手久岐忍，知道一斗来到这里是为了报答烟绯路过相助之情。在忍的暗示下支开一斗后，空跟随烟绯的脚步深入层岩巨渊，再次遇到烟绯和负责监察层岩巨渊的总务司职员夜兰。此时一斗误打误撞找到了烟绯和空，正准备靠近两人，却被夜兰拦住。夜兰表示这里是层岩重地，外人不可擅闯。一斗不愿就此停步，想要靠武力硬闯。在冲突即将从口角上升到肢体时，层岩巨渊底层的地面突然崩裂，在场众人无一例外跌入其中。地底下竟有一处不知名的空间，为了离开此地，众人齐心协力展开调查。此时，来层岩巨渊寻找浮舍的魈循着响声找到旅行者一行人，叮嘱众人尽快回去后便继续赶路。
在穿过疑似出路的秘境后，众人又回到起点，头顶的出口也消失了。他们兵分几路，检查了四周的环境，但并无所获。空曾试过呼唤魈，却未得到回应。几天后，夜兰找到一条隐藏的通路，通路尽头又是一个秘境。众人在秘境中听到魈的声音，跟着声音见到魈的幻影，并与之对话。他们追着幻影进入裂口，在下层找到的门中看到了自己不想面对的事物。经过不懈搜寻，找到一条捷径能返回入口。之后总算是回到营地，大家都开始整顿休息。烟绯单独把空拉到一边，告知自己对这片空间的猜测。根据烟绯的分析，二人反过来利用空间的瑕疵，成功与魈会和。带着重伤的魈返回营地后，二人与夜兰交换了所有已知信息，明白了夜兰来此地是为了调查当年坎瑞亚之战的真相。
魈醒后，提出牺牲自我来为大家打开一条通往外界的通道的方案，被大家一致否决，夜兰更是与他争论起来。为了制止夜兰与魈的争执，一斗使出全力轰开石壁，打出一条新的道路，他自己则因为消耗太大而昏睡过去。通道连接着太威仪盘所控制的时空间，这里每一个小型空间都会受到到来者的记忆影响。魈的记忆所产生的空间和敌人，是血色天地间隐藏身形的浮舍。在拒绝了众人的帮助后，魈独自一人战胜了浮舍的残影，与昔日战友做了最后的告别。之后众人穿过一片片记忆空间，找到了太威仪盘。
与留守的伙伴会合后，众人无意中发现仙人与人力合一，才能最大程度启动太威仪盘。于是魈和夜兰合力，逆转太威仪盘，启动回返地面的法阵。法阵打开了一条光明的通路，同时也吸引了无数蠢蠢欲动的黑影，在众人筋疲力尽逐渐不敌的时候，一股熟悉的力量将他们护送至地面。之后，烟绯带走一斗和忍。临行前一斗的伙伴阿丑托空转告魈，不要因为业障而逃避与人相处。这次经历也让魈开始对过往的作风反思，有了改变的念头。