空在绝云间遇仙，仙人“削月筑阳真君”出手，从千岩军手中保护了他。当削月筑阳真君得知神明死讯，又了解到空的冤情后，它认为七星的表现令人失望，甚至推断七星可能正是幕后黑手，暗害了神明，以图执掌璃月大局。在它的授意下，空前去寻访各位隐居的仙人，传达口信。寻访完诸位仙人，完成了削月筑阳真君的嘱托之后，空重新回到了璃月港，寻找达达利亚。而从后者那里，空得知岩神的仙体被七星藏匿。不能接近仙祖法蜕，空想要全部七神的目标就会完全落空。达达利亚答应为空寻找破局之人。第二天，达达利亚为空介绍了往生堂的客卿钟离，在七星阻止任何人瞻仰帝君仙体的当下，唯有参与钟离操办的“送仙典仪”，空才能再次得见岩神之躯。
钟离不关心谋杀神明的奇案，只关心璃月的传统：辞行久远之躯。挑选完仪式所用的夜泊石后，三人又开始准备祭神用的香膏。挑选出岩王帝君最中意的香膏之后，钟离拜托空去玉京台找萍姥姥借取“涤尘铃”。未曾想到的是，萍姥姥竟是一位仙人。离开她隐居的壶中洞天之后，空陪钟离前往吃虎岩的市井取之前预定的象征七神的七只风筝。为取永生香，空和钟离来到了璃月最有名的药庐“不卜庐”。恰巧不卜庐的老板白术外出，仅留采药人七七在药庐里。七七答应为钟离找永生香，但钟离也要到天衡山，用归终机为她寻找半仙之兽椰羊。钟离和空用归终机搜索许久，都没找到椰羊，只好返回不卜庐向七
七寻问更多的线索。出乎意料的是，七七寻找椰羊是为了椰奶，她认为椰奶是名为椰羊的半仙之兽产的。无奈的三人等到白术回归，才买到了永生香。
送仙典仪的准备完成在即，钟离为表感谢，决定请客。在港口老窖“三碗不过岗”，神秘使者甘雨现身，自称受凝光之托，请空前往天上的宫殿“群玉阁”一叙。因为甘雨没有说怎么去群玉阁，空打算使用归终机寻找登上群玉阁的路。在归终机附近，空遇到了七星中的玉衡，刻晴。她指点了空登上群玉阁的真正方法。
空与凝光聊了很多，话题有神灵，有魔神，还有愚人众。随凝光所指，空前去确认了愚人众关于百无禁忌篆的阴谋。之后，空前往荻花洲继续与钟离一起筹办典仪。当他们回到璃月港之后，得知仙人与七星在城外对峙。山雨欲来之际，空循着凝光和钟离的提示，前往黄金屋阻止达达利亚夺取神之心。空与达达利亚展开了对峙，一番激烈的打斗后，达达利亚利用战斗上的劣势反而接近了仙祖法蜕。但让他意外的是，供奉在黄金屋的仙祖法蜕里并没有神之心。误认为空抢先一步的达达利亚因此被激怒，不惜发动魔王武装与空一战。战斗过后，达达利亚冷静了下来，知道空不可能捷足先登。既然神之心不是被人拿走，那可能从一开始不在仙祖法蜕里，甚至仙祖法蜕也只是个障眼法。想通这点，达达利亚用百无禁忌篆和执行官的力量暂时解开孤云阁的封印，召唤出漩涡之魔神奥赛尔。
在此危难之时，仙人与七星暂时放下不和，共同对敌。凝光维持承托留云借风真君改造后的归终机的群玉阁光盘，在场的诸位仙人共同为归终机注入仙力，对抗魔神。而空和刻晴则负责抵御试图破坏归终机的愚人众。面对气势慑人的漩涡之魔神，众人虽奋力拼斗但仍没能保住归终机，不过漩涡之魔神也受到了重创。为了守护璃月，凝光舍弃群玉阁，将它投入海中，成功镇压魔神。
一番激战与牺牲，魔神重被镇压。所有经历了这一场大变的人与仙，都不由得共同感叹起来。仙人最终选择放权给七星，将监督之权留给璃月万民。空在北国银行再次见到了钟离和罗莎琳，得知璃月这次危机，全在化身钟离的岩王帝君的计划之中。漩涡无法击碎的磐岩，也会在时光的冲刷下磨损。这场假死正是钟离为了考察璃月是否做好进入下一时代的准备所设计的。此次事件的最终解决方式，令钟离感到超乎预期的满意。如此，契约已成，钟离将神之心交给冰之女皇的使者罗莎琳。
事后，化身钟离的岩王帝君通过托梦仙术暗示了仙人与七星“帝君未死”。急于了结这次事件的七星昭告璃月百姓，帝君死于雷劫，彻底结束了这次事件。作为帮助璃月度过危机的英雄，七星承诺会给予空想要的报酬。空提出帮忙贴几张寻人启示作为报酬。之后，空向钟离了解了旅途的下一站———————稻妻的一些情况。
重逢之约
空从蒙德城冒险家协会的凯瑟琳小姐那里得知，蒙德城来了一位奇怪的陌生人。为了向他发出邀约，空来到了“天使的馈赠”酒馆。而这位自称戴因斯雷布的陌生人却以50摩拉和三个问题作为报酬，爽快地接受了空的邀约。戴因只接受和深渊教团有关的委托，在他的建议下，空决定前往“西风之鹰”的庙宇追踪“深渊使徒”。
在打倒庙宇内的魔物后，戴因决定再前往奔狼领，在那里继续寻找深渊使徒的踪迹。戴因在奔狼领附近搜索，找到了很多深渊教团的痕迹，但这些都只是深渊法师留下的迹，没有更深层的深渊力量存在。于是他们前往最后一个地点风龙废墟，调查深渊使徒有没有对导光机关动手。最终空和戴因还是没有找到深渊使徒，但在一处山崖上，空感受到了荧的气息。戴因告诫了因此而焦虑的空一番后，与空暂时道别。
之后，空从甘雨和冒险者协会璃月岚姐处得知，蒙德璃月一带的盗宝团最近正准备联合起来，意图染指一座与深渊教团有关的遗迹。因为担忧盗宝团可能引起的混乱，空接下了调查此事的委托。在遗迹深处，空发现了一座逆位风神像和此前追寻许久未能得见的深渊使徒。深渊使徒疑似认识空，被空打败后匆匆离开了遗迹。
在离开那座诡异的遗迹之后，空意外遇见了戴因。跟随着他，空再次对在遗迹中出现的深渊使徒展开了追迹。途中，空和戴因偶遇深渊法师，发现他们正在寻找遗迹守卫里的某样东西。直觉告诉戴因，这件事对整个深渊教团来说，意义非凡。戴因告诉空，之所以深渊法师蛰伏的地方经常有遗迹守卫游荡，是因为它们都源自五百年前覆灭的古国“坎瑞亚”。对提瓦特的了解加深之后，空知道他第一次从陨星中苏醒时遇到的天变地异正是坎瑞亚覆灭之战。戴因对坎瑞亚的了解让空选择赌一次，他将从陨星中苏醒时发生的情况告诉了戴因。得知空需要通过坎瑞亚的线索寻找亲人，戴因说出坎瑞亚覆灭的原因：五百年前，是七神一同降临，覆灭了坎瑞亚。
遗迹守卫当年在坎瑞亚的代号是“耕地机”，在坎瑞亚覆灭以后，这些失去主人耕地机便纷纷脱离控制，散落在大陆的各个角落。空和戴因找到一伙深渊法师，从他们携带的信上了解到深渊教团准备以污秽逆位神像为基底，用制造耕地机的技术接合魔神奥赛尔的肢体制造机械魔神，而用来替换神像手中宝珠的新的核心，是世上第一座耕地机的眼睛。现在没人知道世上第一座耕地机在哪，派蒙提议先从神像这个信息入手调查，去西风大教堂了解一下情况。
空向芭芭拉问到了“失落的七天神像”和“暴君的遗怨”两件记录在案的怪事，从修女罗莎莉亚处得知深渊教团盯上了北风王狼的残魂。深渊教团的行动可能与污秽逆位神像有关，因此空和戴因赶往奔狼领，打退了设计困住王狼的深渊使徒。空询问王狼，得知疑似世上第
一座耕地机的机械在“狼的试炼”中被打坏。将从芭芭拉和王狼那里得到的线索串联起来，空和戴因确认世上第一座耕地机停在了风龙废墟。空回忆拯救特瓦林的行动时的记忆，带着戴因找到了世上第一座耕地机。为确保世上第一座耕地机的眼睛的力量不被旁人利用，戴因做主保管了眼睛。
空和戴因回到遗迹砸毁污秽逆位神像，再次与深渊使徒交手。空和戴因合力牵制住了深渊使徒，但正在他们占据上风之时，一道熟悉的身影突然出现救下了深渊使徒，她正是空失散已久的妹妹荧。荧正在统领深渊教团，她计划带领被扭曲成怪物的深渊淹没天空岛上的神座，在这之前，她希望空能够抵达旅行的终点。之后在深渊使徒的护卫下，荧离开了遗迹。戴因则在最后一刻进入了传送门，跟着离开了遗迹。虽然只是一次短暂的见面，但希望已经出现了，空打起精神，回到了阳光照耀的地面上，继续他的旅行。
天下人间
空依照稻妻人竺子的指引，找到武装船队“南十字”的首领北斗。南十字船队正在举办武斗会，北斗邀请空参加武斗会，冠军可以获得一枚无主的神之眼或者前往稻妻的船票。期间，空结识了南十字船队来自稻妻的水手枫原万叶，并与他联手抓捕了偷盗冠军奖品的盗宝团。最终空在不使用元素力的情况下取得武斗会冠军，待南十字船队完成补给后去往稻妻。
北斗送空来到接待外国人的离岛，将他拜托给当地地头蛇托马照顾。托马的真实身份是稻妻鸣神岛社奉行神里家大小姐的近侍，来到离岛是为了确认空是否如传闻般具有改变时局的能力。空顺利完成托马设下的考验，帮助万国商会化解离岛勘定奉行的税收黑幕，接下勘定奉行格家大小姐格千里的送信委托以绕过勘定奉行的禁锢离开离岛，与神里家大小姐神里绫华见面。绫华答应为空引荐雷电将军，前提是空帮她完成三个心愿，去见三个失去神之眼的人。
三个失去愿望之人的迷茫，让空改变了原先的想法，答应帮助绫华对抗“眼狩令”。在实现绫华的三个心愿后，空成功获得了绫华的信任。虽然还没有想到对抗眼狩令的方法，但社奉行可以减少眼狩令的损失。前些天，一直帮助社奉行制造假神之眼的正胜师傅被天领奉行逮捕，绫华和托马碍于社奉行的身份，只能拜托空和长野原烟花店的店长长野原宵宫营救正胜。天领奉行对正胜动用了私刑，违反了雷电将军的规定。所以天领奉行大将九条裟罗任由空和宵宫救走伤重的正胜。
绫华下一步行动的那天，雷电将军在千手百眼神像前举办第一百颗神之眼的“狩眼仪式”，托马便是这位公开狩猎的对象。当处刑台上的托马的神之眼向将军手中飞去时，空无法忍受朋友在面前遭此不幸，愤然出手夺下神之眼。目睹空的大胆行径，将军亲自出手，击晕了空。她准备在众人面前将空处决，以示惩戒。危急时刻，托马挣脱束缚，提起身旁长枪掷向将军，趁其分神抵挡时救走空。将军不欲再追，下达了对空的通缉命令。
与将军的初次见面，发生了超乎预想的冲突。被稻妻通缉的空，现在唯有投靠珊瑚宫的反抗军才能扭转局面。空一路探查情报救下反抗军战士哲平，顺势加入反抗军大将五郎的部队。九条裟罗查到空投靠了反抗军，立马率军攻打反抗军。正当反抗军居于下风之际，反抗军的组织者珊瑚宫心海现身。埋伏已久的援军以她的指示为信号齐齐冲出，涌向战场，北斗与万叶作为雇佣兵参与其中。眼见战机已失，裟罗也不得不下令撤退。
战后，心海邀请空前往珊瑚宫商讨对策。空跟随哲平来到珊瑚宫，被心海任命为反抗军剑鱼二番队队长，并得知有一股神秘势力给反抗军提供物资支持。稳固海祇岛后方之后，反抗军的部分军士突然出现诡异的老化症状。原来给反抗军提供物资支持的神秘势力正是愚人众，愚人众以此为契机向反抗军暗中推广邪眼，使一部分反抗军老化，这其中也包括了空的战友哲平。哲平的死使空难以抑制对愚人众的怒火，他立刻前往心海推算出的愚人众在稻妻生产邪眼的工厂，找到了工厂的幕后黑手一一愚人众执行官第六席散兵。被愤怒冲昏头脑的空落入了散兵的陷阱之中，晕倒在地。当空醒来，他已经被八重神子带到了鸣神大社。