如此一个改革行政区划设制，改变大明以往''皇权不下乡''传统，改变官吏区别，改变科举制度的方案实际上还牵涉一个问题是卫所。
卫所类似军屯却又不完全是，在朱元璋设计时确实是十分理想，因为在朱元璋设想中卫所乃是平时种地农闲练兵，生产的粮食足够这些农兵平日生活与训练。
但他设想的卫所制一来官兵都是父子相传的，因而当官愈来愈富有再加又有权，比地主于佃户的权力还大，佃户还可以不干了外，还有勤劳致富经商致富的可能性，就算是当流民也是自由一些。
可卫所制代代相传就限定了身份，在编制内根本不可能换个百户换个总旗换个小旗的。土地又渐渐为各级军官占去，卫所兵们就如自耕农沦落成佃户却无法换个主家，干其它也不允许，逃跑的罪也是杀了也无人管的。
这样状态下的卫所制卫所兵虽然比农民还有兵的编制与一些训练，但士兵们体质还不一定比农民强多少。兵器也承平日久腐朽与保管不善加贪污盗卖下不可能齐全精良，整个卫所兵也就是比刚拉起来的义军好一点。
但这样的卫所朝廷也是付出了不少代价的，虽然一开始这卫所还能上交粮食，可是人口在增加，这与官兵固化一样对卫所制的伤害非小，而且是不仅无法向上交粮而是他们种的粮食早已不够吃了，需要给予一部分粮食才能维持军队的架子。
对此穿越众的办法是彻底废除卫所制，因为卫所制下大明虽然有一百多万军队，可这个军队实在是不可能当正规军用的，还不如将他们遣散了复归农民交的税养活的军队人数少一些却有用。
还有这些军籍与匠籍、乐籍等制度也是太落后了，将人限制太深，这时逃籍的人也太多了。卫所制又对行政区划改革不利，从这些方面看还不如将卫所改变为县级的守备队，府级的保安营，省级的独立师之类的治安剿匪军队为好，其他人放归为民才能更好齐民编户。
只是滋事重大又复杂，穿越众虽弄出了个方案仍然找内阁中孙承宗等人及卢象升等人商议。主要是卫所制大家都知道它已经不行了，可是如何处理还是有些分歧的。
有主张修修补补或重新整顿的，也有主张彻底解决的，基本上还是前者为多，原因是卫所兵多少还有点用，一刀切又不大好下手。
不好下手主要是那些军官怎么办，一个卫所五千多人却是有近千军官的，那是因为十个人的班长级小旗也是军官，管百人的一个百户后世连长级军官这时乃是正六品官员，这军官也是太虚高了，不文贵武贱总不可能七品知县见到百户恭恭敬敬称大人吧？
军官不好办外，还有卫所的土地当初都是公有的，与职地一样都是只有使用权的。可这时卫所的土地有被军官们占据的，有被地方豪强侵占的，也有个不少是因缺水荒废了。
这时废除卫所制只是一句话，但如此状态如何遣散他们就是支持遣散的人一样没什么好办法。对此穿越众的办法为厘清土地归属，如军官占据的退出来，地方豪强霸占的拿回来不算还要罚，荒废的想办法复耕，然后将土地的所有权分下去，不够就补钱或移民。
如此办法必然要清算陈账，把原来属于卫所的土地都拿回来，不然妥善安置卫所的人就是一句空话，或者朝廷拿出大量银子才行。
可这个量真不少，仅北直隶二十多个卫十万多人每个人十两银子也要一百多万外，这十两银子还根本不够。只要将土地拿回来当初人均三十亩这时有二十亩也值六十两银子以上了，所以还是拿回土地为第一要紧。
只是这些土地不大好办，主要是时间太久如一团乱麻也没有空理清楚了。这一来只能快刀斩乱麻，必须相当强势才行，这时候没有张居正这样的强人，只有天启来强推了。
还好从穿越众那里知道历史发展后，天启在韬光养晦度过最开始的那个阶段，从新军打败后金入侵京师之役后，渐渐露出了爪牙，日渐强硬。
那是他知道改革必须强硬，而且是从历史上看大明从中期开始君权乃是在走下坡路的，到嘉靖万历虽打了不少大臣的屁股，特别是嘉靖那时候还打死过人，可如此多大臣劝谏主要还是君权不强，如朱元璋、朱棣办这样的事肯定是不可能的。
如朱棣那是谋皇篡位但大臣们有几个朱棣进入京城后还反对的？还有皇帝集权了只要干事有成就几个会留下恶名的，但明末皇帝要办事喷子、党争厉害，连内阁也要下面推荐实在是与朱元璋、朱棣时不好比。
自从知道这一些天启开始直接插手各种事务的决定，当然再有吴世杰出来狠批''祖制论''、''与民争富论''等谬论。另外还将大批胡说八道的言官下放去当县官，辞官的直接取消士籍，另提了一些当过亲民官的人员当言官，并树立有事说事、就事论事的办事新原则，而不是动不动就上纲上线。
这样一来虽说还达不到大范围改革的要求，至少御前会议上不再有人为反对而反对，不再有太多的虚言与道德绑架，泛道德化等情形。
还有天启的决定也获得了尊重，当然那也是天启的坚持与坚定，并不会被大臣们一忽悠就动摇就改变主意。还有那些不谙实务的官员也是下令放到地方上历练，主要是能不畏人言决定事干脆，让君权大涨。
君权大涨又是只先在北直隶试行，经过几次讨论决定了细节，御前会议终于决定了北直隶卫所制废除的试行计划。
这计划一决定多管齐下，首先每一个卫去了一营新军压阵，再是愿意当兵的考核后按每县三百人的保安队，每府一千人的治安营编制，因为独立地方师由京营改编，卫所兵就招了这些人。
但这也是二三万人，十万多卫所兵家庭挑选出来还是比较容易的。不过这些兵不再为终身制外，执行三月轮训制，也就是说每个人每年都要集中训练三个月。
还有军官也是一样需要培训的，只是之前卫所归各省都指挥司管，现在这地方部队归省军区与地方管，属于双重领导外，省军区属兵部管，今后属于军政系统。
从卫所招兵也是为了降低难度，接下来清理土地才是最为困难。好在天启下了决心又有新军压阵，那些被地方豪强霸占的土地不仅拿了回来还罚了那些人一些钱粮。
也有一些从别人手上转过来的，这些人只能倒霉一些，不过他们可以向前面主人求偿，除非这人已经破产了找到了第一任霸占卫所土地的人还要加罚。