公元399年——403年?晋安帝即位。孙恩海上起兵，刘牢之破之。桓玄入主建康，掌控朝政。
孙恩聚众造反。朝廷肯定要派兵镇压。桓玄自告奋勇率军助战。朝廷婉言谢绝，不敢让桓玄的军队再靠近建康。朝廷调刘牢之和谢琰[yǎn]的军队去镇压孙恩。
刘牢之原本是谢玄的部下，谢玄死后归入王恭麾下。王恭死后，刘牢之接替了王恭的位子，负责江北七州的防务。
谢琰是谢安的儿子，曾参加过淝水之战，现任徐州刺史。
刘牢之和谢琰联手去战孙恩。孙恩人数虽多，但是乌合之众，战斗力不强，一打就败，一败就跑。孙恩是海盗，老窝在舟山群岛。舟山群岛有不计其数的小岛。孙恩躲进舟山群岛，想找到他无异于大海捞针。
另外晋军水军的舰船也不适合海上作战。海盗船是带密闭舱的，在海上航行不怕触礁漏水，打起仗来也不容易被对方的抛石机砸漏。孙恩的舰船有八个密闭舱。晋军的舰船在内河航行，只担心搁浅，不担心触礁，没有密闭舱设计。并且，晋军的舰船个头小。孙恩的舰船是四层楼船的巨舰，可以轻松碾压晋军。
所以，晋军只在陆上跟孙恩打，撵下海就算完成任务了。
朝廷任命谢琰为会稽太守，负责沿海地区防务，阻止孙恩上岸。
孙恩之乱告一段落。军阀之乱进入GC。桓玄以一敌二竟然不落下风，将殷仲堪、杨佺期先后击败杀掉，吞并了他们的军队和地盘。东晋三分之二的领土都在桓玄的控制之下。
在东晋内乱期间，后秦姚兴趁机攻占了洛阳。北魏拓跋珪南下占领了许州。南燕慕容德攻占了青州，在青州称帝。东晋北部地区的领土急剧萎缩。
面对内忧外患，东晋朝廷无能为力。他们现在守江东都费劲，哪还顾得上江北和江西。
西边的军阀混战刚告一段落，东边的海盗孙恩又卷土重来。
谢琰“不能绥怀，又不为武备”。对部下不关心，对战备也不上心，这样的统帅如何能够打胜仗？
孙恩杀过来的时候，谢琰正准备吃饭。他说等我灭掉这帮贼寇再吃，说完就骑上马出去了。他根本没把这帮贼寇放在眼里，以为手到擒来的事。结果部下不肯为他卖命，一战即败。谢琰被部下在背后下黑手给杀了。
孙恩再次肆虐沿海地区。“孙恩寇临海，人众饿死，散亡殆尽”。沿海地区几乎变成无人区。
朝廷请刘牢之再次出手去对付孙恩。刘牢之很能打，一出手就把孙恩打回大海。但是孙恩这人很难缠。你从这边击退他，他从那边又上岸了。刘牢之就像在玩棒打老鼠游戏，摁下葫芦飘起瓢。
公元401年，孙恩率军十几万，乘坐上千艘高大的楼船，进犯山阴（浙江绍兴）。刘牢之率军将其击退。
孙恩不死心，退回海上后乘船北上，沿途袭扰大陆沿海地区，一直打到长江口。那时上海还是小渔村，被称为“扈渎”。扈是一种打渔工具，类似竹栅。渎是指江河入海口地区。孙恩逆江而上杀入内陆地区。
刘牢之急派部将刘裕率军北上拦截。孙恩率数万人进攻丹徒（江苏镇江丹徒区），眼看就要攻陷城池。城内百姓已经拿起扁担准备做最后一搏。关键时刻，刘裕率军赶到。刘裕部队不顾行军疲劳，立即投入战斗，经过一番激战打跑了孙恩。
孙恩不甘心失败，退回船上继续西进，长途奔袭建康。
京城为之震动。百姓惊恐不安。司马道子无计可施，“唯日祷蒋侯庙为厌胜之术”。他天天去当地据说非常灵验的土地庙祈祷，对孙恩行诅咒之术。
刘牢之亲自率军日夜兼程增援建康。所幸孙恩战舰巨大又是顶风逆行，行驶非常缓慢。等他杀到建康附近，刘牢之已经回防到位。孙恩见无机可乘，只得怏怏离去。
刘牢之不肯放过孙恩，沿途追杀，利用火攻袭击孙恩的舰队。孙恩上岸劫掠更是遭到晋军的迎头痛击。刘裕在扈渎截住孙恩，跟孙恩展开大战，三战三捷。孙恩损失惨重，从此势衰。
司马元显发现晋军的水上优势丧失，大力发展水军。他加强水军的目的，一是对付孙恩，二是对付桓玄。
孙恩已经不足为患，司马元显决定讨伐桓玄。桓玄对朝廷的威胁比孙恩还大，已经出现割据自立的迹象。司马元显决定先发制人进攻桓玄。
402年，司马元显昭告天下历数桓玄的罪行，率军讨伐桓玄。
司马元显自封征讨大都督，任命刘牢之为前锋都督，率领经过升级扩建的舰队西征。
桓玄也不示弱，提兵迎战。他传檄天下历数司马元显的罪状，率领舰队东征。
晋军集结已毕。司马元显登上战船心里又没底了，迟迟不肯下令开拔。大军就在江边耗着。刘牢之一看他不走，自己也按兵不动。
桓玄顺江东行走了一半的路了都没见到司马元显的军队，心中大喜，知道司马元显怕了自己，挥军直杀建康。
司马元显听说桓玄杀来，弃船上岸，退守建康。
刘牢之对司马元显专权素有不满，不愿再替司马元显卖命，暗中投靠了桓玄。
桓玄大军兵临城下。司马元显列阵迎战却不敢临阵指挥，躲在家里。主帅怂成这样，手下将士更心虚了。桓玄的军队在城下列阵，大喝一声“放仗”（放下武器）！司马元显的兵“哗”一下都跑了。
桓玄兵不血刃进了建康。
他控制了朝廷，以晋安帝的名义将司马元显一家处斩、司马道子流放。朝中文武对司马元显素无好感，默然接受桓玄取代司马氏的现实。
桓玄任命刘牢之为会稽内史，让他交出兵权。刘牢之大怒，召集手下将领准备跟桓玄开战。他的参军刘袭对他说，你当初背叛王恭投降司马元显，刚不久又背叛司马元显投降桓玄，现在又要背叛桓玄。“一人三叛，何以自立”！刘袭说完扭身走了。他的部将也随之散去。刘牢之羞愧难当，上吊自杀。他的军队和地盘全部被桓玄接管。
孙恩趁东晋内乱又上岸袭扰。但他的军队这时已经很少了，东晋地方部队就把他打败。孙恩不想被官军抓俘虏，跳海自尽。他的追随者几百人也跟着跳了下去。
孙恩死后，残余部众推举孙恩的妹夫卢循为首领。
桓玄刚刚入主建康，不愿多事，试图诏安海盗武装，任命卢循为永嘉太守。这给了海盗喘息的机会和东山再起的机会。“循虽受命，而寇暴不已”。卢循虽然接受了任命成为ZF官员，但依然改不了海盗的残暴习性。
兵祸之后随之而来的是DJH。“三吴大饥，户口减半，会稽减什三、四，临海、永嘉殆尽”。吴国旧地人口减少一半。会稽郡人口减少十之三四。临海（浙江台州章安镇）、永嘉（浙江温州）的百姓几乎都死光了。
桓玄入主建康后清洗朝堂，把司马道子、司马元显一派都撵走。那些人多是阿谀奉承的小人。朝野对此表示欢迎，以为国家有了复兴的希望。没想到桓玄哪里是为了国家，不过是为了自己更好地掌控朝廷罢了。他上来跟司马氏一个德行。
桓玄清洗完司马一党开始清洗刘牢之的部下，杀了包括刘袭在内的刘牢之旧将。当初如果不是刘袭反对刘牢之起兵反对桓玄，桓玄能不能在建康待得住都是一码事。等他在建康站稳脚跟便开始兔死狗烹。
桓玄以自己喜恶清洗朝廷。很多文武官员担心不测，流亡南燕或后秦、北魏。刘袭的哥哥刘轨起兵为刘袭报仇，被桓玄击退后北逃南燕。刘牢之的部分旧将也随之逃离东晋。
桓玄没有杀刘裕。刘裕是一位骁勇善战的大将。桓玄缺少这样的人才，对刘裕加以笼络、重用。
他派刘裕去打卢循。卢循接受招安却仍然为非作歹，行劫施暴，竟然公然派兵袭击东阳（浙江金华）。桓玄决定彻底剿灭这帮海盗。
刘裕果然善战，连战连胜，把卢循打得狼狈逃窜。
卢循不敢再待在江浙，渡海向南逃走。后来卢循夜袭番禺（广东广州），占领了广州。东晋因为桓玄之乱无暇顾及南疆。卢循在广州盘踞多年。
桓玄清洗异己之后相信朝廷已在完全掌控在自己手中，开始谋求篡位。