1585年——1592年??万历皇帝因立太子引发国本之争。宁夏哱拜叛乱，被平。
吉壤的事刚过去，朝中纷争又起。这回是因为万历立太子的事。此事被称为“国本之争”，比当年的“大礼仪之争”还热闹。
万历宠爱的女人郑贵妃给他生了一个大胖小子。万历非常高兴，打算立为太子。但是群臣联名上书，反对皇上废长立幼。
在这个儿子出生之前已经有一个儿子抢了头筹。那是万历和一个宫女生的孩子。他去太后宫中请安，看见一个宫女很耐看，一时兴起把人家“幸”了，没想到一炮打响，搞出条人命。
太后见身边的宫女莫名其妙地大起了肚子，把万历叫来，问他怎么回事啊？万历装无辜：我怎么知道啊？太后大怒：整个皇宫只有你有这种作案工具，你怎么会不知道？万历糊弄不过去，只得勉强承认。
万历被迫认下这个孩子但始终不待见他。
皇后没有生养，也就是说万历没有嫡子。无嫡立长，这个孩子是长子，那就是法定继承人。郑贵妃虽然也生了儿子，但贵妃的儿子也是庶子，只能作为太子的备份。万历想立郑贵妃的儿子。群臣坚决不同意。太后也不干。
太后又把万历叫去，问他为什么不肯立老大为太子。万历说他是宫女的儿子。意思是出身低贱。太后大怒：你也是宫女的儿子！
太后也是宫女出身。隆庆拿宫女练采阴补阳术，一时失手制造出万历。隆庆也没想到有心栽花花不开，无心插柳柳成荫。这个计划外生育的孩子最终继承了皇位。
身为宫女孩子的万历看不起宫女，这让太后很伤自尊。
万历叩头认错但没有改正错误的意思。他就是不乐意立宫女的儿子，也不愿辜负心爱的女人郑贵妃。他给郑贵妃发过誓，一定会立她的儿子做太子。为此他还郑重其事地写了一份保证书让她收着。
儿大不由娘。太后也拿他没有办法。但群臣不肯就这么善罢甘休，天天跟苍蝇似地在他耳边嗡嗡，要立长子、要立长子、必须立长子。万历一见群臣就头大。
万历十五年，也就是万历亲政后的第五年，万历病了。没人知道什么病，反正不上朝了。
这一“病”就病了30年！
内阁得来问候皇帝啊。他们问万历：你得了什么病啊？好点没有？
万历说我也不知道什么病，反正是浑身脑袋疼。“头昏眼黑，力乏不兴”，“腰痛脚软，行立不便”。
内阁说：那你什么能上班啊？你不上班，工作可怎么办啊？
万历说：御医建议我进行“休假式疗养”。我可以在家办公啊。你们有事只管上奏折吧。
内阁无奈，只得退出回去写奏折。
有大臣上书皇帝：我听说您在宫中骑马玩耍碰伤了前额，怎么不肯说实话呢？要像您说的病状，那应该是放纵酒色所致。摔伤事小，沉溺酒色事大。您久不上朝已经引起朝野议论纷纷。希望陛下还是以社稷为重。
万历看到奏折大怒，下旨将上书人廷杖六十，削职为民。
至于万历有病没病一直是历史之谜。有人说他没病，只是偷懒怠政。有人说他有病，但又不能确定是什么病。
本来万历陵墓被挖掘是揭开这个谜团的机会，只可惜当时的技术落后，只从万历的尸骨上看出万历有虫子牙、驼背。后来技术发展了，但万历的尸骨早被挫骨扬灰，连个渣都没了。这不能不说是考古工作的一大憾事。
当时的中科院检查过万历尸骨，得出一个结论：万历是瘸子，一条腿长，一条腿短。但这个结论遭到质疑。因为史料里找不到万历腿瘸的任何线索。
不过如果前面提到的这个大臣所言是真，万历骑马摔过，被摔断腿也是可能的。但瘸腿并不影响上朝。
或许万历好面子，不愿意让人知道他是个瘸子，不愿意让人看到他一瘸一拐的，所以不去上朝，一直躲在家里。但事实上，万历30年不上朝也并非完全不上朝，偶尔也露面，甚至出宫参加祭祀仪式。所以，有关瘸腿的一切假设都不成立。
没有瘸腿，没有瘫痪，那万历为什么30年不上朝？没人知道。大家倾向于万历怠政。说白了，就是懒。
开始时可能是因为生病，需要卧床休息。后来发现在家挺好，耳根清净，所以病好了也不愿去上朝。他厌倦了处理不完的朝政，厌倦了朝廷无休止的争论。惹不起，咱躲得起。他不愿见群臣，只图个耳根清净。群臣上奏折，他爱看看，不爱看不看。
在众多奏折中，群臣说的最多的还是立太子的事。您既然说自己身体不好，那立太子的事更得抓紧了。群臣纷纷催促皇上赶紧宣布皇长子为太子。
万历又气又烦。你们想立太子，我就不立。爱咋咋地。
万历看到立太子的奏章就扔到一边，也不批示也不退还，用那时的术语就是“留中“了，实际上就是扔废纸篓了。后来不光是立太子的奏章，其他奏章也是十不批一。
群臣议论纷纷，皇上这是不是闹罢工呢。可听说过员工闹罢工的，没听说过老板闹罢工的。
有个家伙调中央一年多了，没见过皇上，忍不住上书万历，说：你托病不出，大家都怀疑你是装病偷懒。不过依我看你是真有病，并且还病得不轻。你的病，我的诊断是“酒色财气”。第一是嗜酒，每夕必饮，每饮必醉。第二是好色，不但好女色还好男色。第三是贪财，派出矿监、税监到各地搜括，一意敛财。第四是易怒，脾气大，影响了工作情绪。
万历看到这个奏章，气坏了，把内阁叫来将这个人辞退。他说这家伙想学海瑞骂皇帝搏出位，我先让他学学海瑞罢官。他跟人诉苦：我是真有病，心肝肺包括这一套下水全有毛病。医生正在为我调理。
内阁知道万历的病根在立太子的事，为打破僵局开始软化立场，告诫群臣有事说事，不要言辞过于激烈。首辅申时行规定，各部门上奏折只准说本部门的事，不要牵扯其他。并且，各部门的奏章不能直接送进宫中，要先经部门主管和内阁过目。
这下捅了马蜂窝，群臣开始把矛头对准内阁。朝外的儒生把坚持原则的大臣归于“清流”，把倾向于妥协的归于“浊流”。朝廷清浊两派开始互相对抗。跟当年的“大礼仪”之争一样，朝廷又陷入无聊的内斗。
申时行暗中倒向万历，支持他废长立幼的想法。不想他的奏折被群臣发现，申时行遭到群起而攻之。申时行实在干不下去了，只好申请退休。
一些大臣联名上书万历要求确认皇长子的太子之位。万历大怒，下令把他们全撵出朝廷。新任首辅王家屏抗旨不尊。万历将他一并赶走。
万历发话，你们要能保证不再吵吵，我明年就立太子。否则的话，我等皇长子15岁以后再说。
群臣信以为真，赶紧闭嘴，不敢再以立储一事烦他。
国本之争告一段落。
朝廷内斗不休，皇帝消极怠政，国家开始多事。
国家财政在万历初期是盈余，在万历亲政后开始转为赤字。户部请求万历尽量节俭一些，停止不必要的工程，裁减臃肿的锦衣卫和皇宫雇佣的数以万计的工匠。万历不肯，要求加派赋税并派人组织开矿。
赋税劳役越来越重，贪官污吏越来越多，政府赈灾济贫有心无力，军队粮饷不能及时足额发放，民变、兵变开始增多，同时外患也开始增多。
明朝最大的外患是北部的鞑靼人。鞑靼人自从通贡以来一直跟明朝保持着友好关系。俺答汗死后，三娘子掌权。三娘子就是前面提到的俺答汗横刀夺爱抢来的媳妇。她在俺答汗死后成为鞑靼的实际当家人。她当权二十年，一直跟明朝保持友好。
东北蒙古人时常犯边。所幸辽东总兵李成梁非常能打，将来犯之敌一一击退。
李成梁是跟戚继光同时代的名将，虽然名气没有戚继光大，但战功丝毫不亚于戚继光。李成梁镇守辽东期间，蒙古人始终不能雷池一步。戚继光镇守蓟州一直没什么仗打，正是因为李成梁顶在前面。
西北蒙古人也时常犯边。西北明军就差点事，屡战屡败，只能放任蒙古人抢掠边区。
南部边境也不再安生。缅甸人开始尝试入侵云南，但被明军击退。
1592年，宁夏爆发大规模兵变。叛兵跟西北蒙古人勾结在一起向明朝发起攻击。
宁夏副总兵哱拜是蒙古降将。他跟宁夏巡抚不合，起兵叛乱，占领了宁夏镇（宁夏银川）。叛兵联合西北蒙古人进攻灵州。朝廷急调辽东的李如松率军增援。
李如松是李成梁的儿子。将门出虎子，李如松也是一员能征惯战的名将。
李如松带兵过去，把哱拜打得稀里哗啦。李如松攻破叛军的老巢宁夏镇，把哱拜堵在家里。哱拜见大势已去，全家自尽。
宁夏之役以明军获胜而告终。