,1799年——1813年白莲教乱九年始平。嘉庆剿灭海盗。天理教徒谋反，攻入皇宫，刺杀嘉庆未遂。
处理完和珅，嘉庆接着平定白莲教之乱。
虽然大股白莲教已经被官军剿灭，但小股白莲教依然在坚持作战。他们钻进深山和官军打游击。官兵大规模搜山但收效不大还损兵折将，只好改为坚壁清野企图困死白莲教。
官兵请示嘉庆：白莲教已成流寇翻不起大浪，是不是把大部队撤了，让白莲教困在深山里自生自灭？
嘉庆说不行，李自成只剩下18骑还能死灰复燃，何况白莲教成千上万的人还没有消灭？务必斩草除根，赶尽杀绝。
刘之协在河南积极活动，发展教众，购置刀枪火药，意图让白莲教东山再起。官军闻风而来，抓获了刘之协。白莲教再遭重创。
嘉庆为了尽快结束战争，下令对白莲教“剿抚并施”，区别对待“首逆”与“附众”。他还下令惩办了“官逼民反”的官员。
这套组合拳打下来效果明显。白莲教很快从十几万人下降到几万人。
官兵让人化妆成白莲教的摸样进山侦察，发现白莲教踪迹立即引兵追剿。这有点像《林海雪原》杨子荣找座山雕的套路，但这个办法果然好使。藏在深山里的一股股教徒陆续被挖出来歼灭。白莲教之乱被彻底平定。
嘉庆前后花了9年时间才把白莲教镇压下去。长期战乱对国家的损坏是巨大的。这9年花了2亿两白银的军费。国库开始捉襟见肘。国家也伤了元气。国势自此陷入衰败。
为防止再次发生变乱，嘉庆发布一连串政令。矿禁被重新收紧，防止百姓借采矿为名聚众闹事。禁止内地百姓向东北移民，保证满人祖宗之地不被侵扰。禁止外国人在中国传教，防止有人再利用宗教起事。白莲教早在雍正时期已被定为邪教，发现就抓，嘉庆没必要再重申禁令。
但是嘉庆的这些措施并没有起到什么作用。各种战乱频发把清朝拖入下行轨道，一去不复返。
白莲教之乱是清朝一个分界点。“康乾盛世”结束，乱世开始。国家此后越来越乱。鸦片开始大量流入中国。内乱频仍之余外患渐逼。
刚平定了白莲教，海盗又起来闹事。嘉庆不得不再次调兵去打海盗。
其实海盗一直存在，就像陆地上的山贼草寇一样无法根除，只是规模大小而已。海盗在明朝时期比较猖獗。他们和日本浪人勾结在一起成为明朝一患。戚继光抗倭之后，海盗少了很多。加之日本结束军阀混战有了统一的政权，日本浪人销声匿迹。海盗少了帮凶，势力更衰。
进入清朝，海盗已经不足为患，偶有个把海盗也是三五成群偷鸡摸狗而已。但是安南（越南）内战刺激海盗再次猖獗，就像如今的索马里海盗。他们把抢劫过往船只当做筹措军费、发财致富的最佳途径。
安南内战结束后，这些半兵半匪的人不愿金盆洗手转而成为职业海盗继续发财梦。
一个叫蔡牵的海盗头把东南沿海的海盗组织起来，成立了一个海盗联盟。他自任盟主，带领海盗在台湾海峡打劫过往的商船，收取保护费。
他手里有钱，要人有人，要船有船，要枪有枪，要炮有炮。海盗装备比清朝水师还精良。官府奈何他不得。
胆大妄为的蔡牵率领海盗攻击清军炮台，抢了清军的大炮。清军水军竟然不敢出战。有一支清军运输队正被蔡牵撞上，被蔡牵顺势歼灭。
蔡牵看中台湾，想把台湾设为大本营，率领两万海盗去攻打台湾，登陆凤山（台湾高雄）。他们打出了“反清复明”的旗号，打算仿效郑成功占领台湾。
嘉庆闻讯大怒，派最擅长海战的大将李长庚率领两省水师前去救援，下死命令务必擒住蔡牵，活要见人死要见尸。
李长庚率军来到台湾。经过一番筹划，李长庚向海盗发起进攻，以火攻烧掉蔡牵一半的舰船，然后跟台湾守军配合从海陆两个方向夹攻海盗。海盗大败。蔡牵见势不妙，率领残余冲破清军包围圈逃之夭夭。
嘉庆怪罪下来，摘了李长庚的顶戴花翎让他戴罪立功。如果不是解了台湾之围，李长庚的脑袋都会被一起摘了去。
李长庚咽不下这口气，四处探听蔡牵的行踪以图再战。蔡牵遭受重创后在大海深处东躲西藏，但最终也没能逃过李长庚的追捕。
李长庚率军包围了蔡牵。蔡牵困兽犹斗左突右冲想逃出包围圈。李长庚身先士卒冲在最前面，死死咬住蔡牵。李长庚的座舰和蔡牵的座舰几乎首尾相接。蔡牵的压寨夫人恨李长庚欺人太甚，点响了船尾的一门炮。炮弹呼啸而去，正中李长庚的哽嗓咽喉。李长庚当场毙命。主帅阵亡，清军无心恋战，让蔡牵又逃一劫。
事不过三。两年后，蔡牵终于又被清军围住。蔡牵打光了炮弹把银元大把大把地塞进炮膛当炮弹打。可银元的杀伤力太小。清军舰船冒着银弹横冲过来撞坏了蔡牵的船舵。蔡牵跑不了了。清兵爬上蔡牵的船和海盗展开肉搏战。蔡牵知道大势已去，下令沉船自杀，宁死不当俘虏，和清兵同归于尽。
蔡牵举兵反清纵横海上十四年，自此曲终人散。其他各支海盗陆续接受了官府的招安。环中国海终于恢复了平静。
这边还没消停，陕西军队因为欠饷而兵变，攻占了数座城池。嘉庆又不得不派军围剿。紧接着四川达州（四川达县）和汉中也因为欠饷先后发生兵变。
嘉庆派军平乱的同时下令增加盐税，筹措军费。
清朝在康熙年间的盐价每斤10文，到了乾隆年间涨到20文，嘉庆年间46文。清朝一文钱按5克铜来计算相当于现在的两毛五分钱，如果按购买力计算相当于现在的五毛到一块钱。也就是说嘉庆年间的一斤盐卖到十几甚至几十块钱。那时百姓出去打工干一天只能赚到几十文钱，还不够买一斤盐。你说老百姓这日子怎么过？
嘉庆提高盐价后增收四百万两白银，但仍然是杯水车薪。
嘉庆不得已想到“捐官”，也就是卖官。虽然他知道这样做不利于吏治但也顾不了许多。
1813年，天理教又起来作乱。
天理教是白莲教的一个分支，但又不受白莲教的控制。白莲教暴动的时候，天理教并没有响应。
天理教的原名叫八卦教，在北京周边有八个分舵，分布在北京郊县及河北、江南、山东三省。其中一个舵主叫林清的把八个分舵联合起来成立天理教。这样一来人多势众了。于是林清决定暴动。
天理教人数不详，但肯定没有白莲教多。白莲教那么多人最后都败了，有白莲教做前车之鉴，天理教为什么还敢起来暴动？这是因为林清有一个计谋：擒贼先擒王。先杀了嘉庆，让清朝群龙无首陷入混乱，然后乱中取胜。
他之所以敢这么策划，是因为他在宫中有一个内线，是个太监，能跟他里应外合。
林清与各位舵主商定好起事的时间后，领着一支特工队出发了。他负责攻进皇宫刺杀嘉庆占领皇宫，其他舵主负责带兵杀入京城并占领京城。
但是林清前脚刚走就出事了。一个分舵加紧打造兵器被官府发现，泄露了机密。官兵马上启动应急预案，组织军队围剿。各地分舵被迫提前起事。但他们已经没机会按原计划杀往京城，被官兵就地包围歼灭。
林清毫不知情，带特工队混入京城后直奔皇宫。那个作为内应的太监也是糊涂蛋，也不打听打听嘉庆在不在家，打开宫门放入特工队。特工队一路狂奔杀到养心殿，那里是嘉庆的办公室，结果找不到嘉庆，傻眼了。嘉庆那天去了承德行宫避暑山庄，没在家。宫中侍卫闻讯赶来将特工队一网打尽。
天理教筹划已久的大暴动结果成了一场闹剧。
即使如此，嘉庆也羞愧难当。列祖列宗居住的地方被搞得一片狼藉、血光四溅。做为一国之君连自己家都看不住还治什么国？嘉庆下罪己诏向天下人检讨。
嘉庆其实也应该检讨一下自己皇宫的安保工作，管理的确非常松懈。
十年前，一个内务府（皇宫的总务部）差役陈德被内务府辞退，一气之下决定刺杀皇帝。他从皇宫东门溜进去绕到御花园后门外潜伏起来。那天嘉庆从圆明园回宫。轿子到达御花园后门时，陈德突然拿着刀冲了出来。他冲到轿子跟前还没来得及动手，旁边一个亲王手疾眼快推了他一把。后边的侍卫这才反应过来，扑过去把他摁住。其他人护着嘉庆的轿子赶紧进入宫门。嘉庆后来重赏了那个亲王。如果不是他，后果不堪设想。
嘉庆在刺杀未遂案发生后加强了安保工作，没想到这回又发生了更严重的事情。刺客都杀到他的寝宫来了。安保仍然是形同虚设。皇宫的管理都乱成这个样子，其他地方可想而知。
天理教的林清被抓后供述：“我先前入教，原止希图敛钱”。“我见入教人多，起意谋逆。”他并非为信仰而战，而是为财为富贵而已。
乾隆在罪己诏里把责任推到下面人身上。
他说：自从我继位以来兢兢业业。“朕虽未仰绍爱民之实政，亦无害民之虐事”。我虽然没给百姓造过什么福，但也没祸害过百姓啊。发生这样的事情，实在是不能理解。官吏也没有能够尽职尽责，尸位素餐。“虽经再三诰诫，舌敝笔秃，终不足以动诸臣之听”。我把嘴皮子都磨破了，把毛笔都写秃了，也不能打动诸臣。
他说自己“虽未仰绍爱民之实政，亦无害民之虐事”，这倒是一句大实话。他在位25年，几乎什么也没干，碌碌无为。但是不作为也是一种“害民之虐事”。这一点他没意识到。
比方说贪官污吏你不惩治就是对百姓的伤害。官吏贪污腐败使百姓本已艰难的日子更加艰难。
继位之处嘉庆也想学爷爷雍正铁腕治国，惩治贪官，刹住贪腐之风。嘉庆擒杀和珅就是想给官吏敲一个警钟，杀猴给鸡看。但他没能常抓不懈，前紧后松使贪腐之风做了个俯卧撑。
嘉庆为了整治黄河水患投巨资修水利，结果年年修年年决口。每次都投入上千万两白银，但每次都随着洪水打了水漂。嘉庆清楚这里一定有贪污渎职行为，但始终下不了决心一查到底。康熙以治河为执政要务，每年投入财政收入的十分之一。而嘉庆投入的是财政收入的四分之一。浪费了大量民脂民膏结果却修出个豆腐渣工程。
嘉庆心慈手软使贪官污吏有恃无恐，贪腐之风愈演愈烈，富了贪官，害了百姓。
他对百姓也没什么“爱民之实政”。
社会日益动荡的一个原因是人多地少。百姓没地可种，又找不到其他营生，生活没着落，自然人心不稳。白莲教能闹那么大，就是因为有群众基础。嘉庆也发现了这个问题，但又无力解决。汉人跑去地多的东北垦荒，嘉庆怕影响东北满人的利益严令禁止。他也没有在工商业方面想想办法，把人口负担转化为人口红利。他总是以维稳为先。
当然，他也不是什么都没做，在位期间净打仗了，也算是个武功皇帝。嘉庆上台以来没过过一天安生日子。不是这造反就是那造反，搞得他焦头烂额。但是他打的仗没有寸土进账，都是在保土。并且频繁的战争加重了百姓的负担。