1628年——1630年崇祯帝以袁崇焕为帅防御后金。后金偷袭北京。崇祯疑袁崇焕通敌，杀之。
屋漏偏逢连阴雨，外患未除添内忧。
陕西民变爆发后，崇祯在应付辽东战事的同时，不得不分兵陕西。
国库空虚。为了凑齐军费，崇祯把内帑（皇家私人金库）都拿出来，并且变卖了宫中收藏的人参和金银器具。他自己使用木制或铁制的器具。妃子陪葬都以铜铁代替金银。
崇祯即位后着手纠正前朝弊政，撤除了百姓痛恨的矿监税吏。但对于横行于世的贪官污吏和愈演愈烈的贪污腐败，他却没有勇气和能力根除。对于长期以来的财政拮据，他也想不出好办法解决。
别看皇帝穷得叮当响，他手下的臣子个个富得流油。李自成打进京城后搜刮了七千万两白银。这些钱要放到辽东，打个十年八年也用不完。
崇祯最操心的是辽东战事。他上任后召见了闲赋在家的袁崇焕，商讨东北局势。袁崇焕在崇祯面前慷慨陈词，立下军令状保证五年之内收复东北。崇祯龙心大悦，破格提拔为兵部尚书兼蓟辽督师，让他全权负责关内外的防务，并赐尚方宝剑一把，允许他先斩后奏。
袁崇焕怀抱尚方宝剑走马上任，重赴辽东前线。
袁崇焕一到宁远就碰到军营闹饷。当兵的好几个月没领到工资了，聚众闹事，绑了宁远的巡抚和总兵（相当于军分区司令）。这事不及时处理很可能会酿成兵变。袁崇焕没进官衙直接就奔了兵营。
袁崇焕进入兵营时闹饷已被平息。宁远政府拿出所有的钱并且找商户借贷了一部分补发了欠饷。但袁崇焕要整顿军纪，不允许类似事情再次发生。
袁崇焕下令将领头闹事的人绑了砍头示众，并且发话下去：以后谁再敢闹事一律杀无赦。
袁崇焕守辽东要从严肃军纪开始，不仅当兵的不听话要砍头，当官的不听话照砍不误。
袁崇焕计划派人去皮岛“理饷”，也就是管理粮饷，遭到毛文龙的拒绝。毛文龙“恶文臣监制”，不愿受文官的监督牵制。袁崇焕对毛文龙起了杀心。
袁崇焕借口视察皮岛，过去就把毛文龙杀了。他有尚方宝剑，可以先斩后奏。
袁崇焕杀毛文龙是非常争议的一件事。袁崇焕给毛文龙列了12条该杀之罪，公之于众。这12条罪状包括拒绝文官监军、虚报战功、冒领粮饷、强娶民女、私自和外商贸易、给魏忠贤塑像、没能收复失土等。这些罪名数量不少，但罪不至死。
比方说，毛文龙之死的DHS是不肯接受袁崇焕给他派的文官监军。袁崇焕说他专权独断。但是袁崇焕自己也不要监军。袁崇焕上任之初就跟崇祯提条件：要我干就得给我全权，不受任何人牵制。崇祯答应了他，并给他尚方宝剑，允许他“便[biàn]宜行事”。袁崇焕不要监军无罪，别人不要监军就是死罪，谁服气啊？毛文龙手里也有尚方宝剑，也有“便宜行事”的权力，怎么就犯了该杀的罪呢？
袁崇焕指责毛文龙为魏忠贤立塑像。其实袁崇焕也为魏忠贤建过生祠（给活人建的纪念堂）。魏忠贤当权时，给魏忠贤拍马屁的人多了去了。袁崇焕上奏折时吹捧魏忠贤是“稷契夔[kuí]龙”（尧舜时代的名臣）。
他说毛文龙镇守皮岛8年也没能收复东北失土。以当时的条件，毛文龙能守住皮岛就不错了，收复失土勉为其难。并且，虽然说毛文龙没能收复失土，但他在北面牵制住金兵，使金兵有后顾之忧不敢放胆南下。毛文龙这也是有功的。
如果崇祯杀袁崇焕是自毁长城，袁崇焕杀毛文龙也是自毁长城。大敌当前，本是团结一切力量抗敌的时候，他们却在那里窝里斗。
袁崇焕杀了毛文龙的消息传到北京。“帝骤闻，意殊骇，念既死，且方倚崇焕，乃优旨褒答”。袁崇焕是二品，毛文龙是一品，级别比袁崇焕还高。毛文龙因为在东北立下无数战功被皇上封为太子太保、从一品。这虽然只是名誉衔，他的实职只是总兵，但毕竟是朝廷大员。袁崇焕说杀就杀了，也不打招呼，这不能不让崇祯感到震惊。
最要命的是，袁崇焕使别人误解是皇帝要杀毛文龙而不是他自己。他杀毛文龙时把皇帝赐给他的尚方宝剑亮出来，一剑砍掉毛文龙的头。用皇帝的剑杀人，这不跟借刀杀人一个意思吗。把坏事推到皇帝身上，嫁祸于人，崇祯能高兴吗？
但人已经死了，说什么都晚了。现在手头可用之人只有袁崇焕，崇祯还指望袁崇焕五年收复国土，只能接受既成事实。
但崇祯在心里给袁崇焕记下一笔。
毛文龙死了，皇太极摆宴庆贺。金兵但凡南下攻明，毛文龙必出来活动，让金人心存顾忌。现在好了，金人没了后顾之忧。
皮岛上的明军人心散了，替毛文龙寒心，不愿为袁崇焕卖命。
1629年，皇太极倾巢出动南下侵明。
后金这些年一直在不断扩充军队。皇太极把降服的蒙古人和汉人编入军队，建立了蒙八旗和汉八旗。金军数量已经达到数十万人。
皇太极南侵不敢碰袁崇焕，而是绕过山海关，取道蒙古长途奔袭北京。袁崇焕闻讯大惊，急忙亲率骑兵驰援。他在蓟州截住皇太极。皇太极见袁崇焕来了，马上绕道向西而走。
西边是北京。袁崇焕马上意识到皇太极是打北京的主意，急忙率兵抢先一步来到北京。袁崇焕前脚到，皇太极后脚来。京城震惊，都骂袁崇焕引狼入室。
朝野都知道袁崇焕跟皇太极私自议和的事。虽然袁崇焕说他是假议和，但仍打消不了朝廷对他的疑虑。前线将领的任务是打仗，没有权力议和，瞒着朝廷和皇帝私下跟对方接触便有通敌的嫌疑。
这回皇太极“跟着”袁崇焕杀到北京，人们马上联想起袁崇焕跟皇太极私下议和的事，都说袁崇焕跟皇太极串通，想让皇太极以武力逼迫明朝同意议和。
崇祯也开始怀疑。另外，袁崇焕不经请示便自作主张把边镇部队拉到京城，这也让崇祯心里犯嘀咕。
袁崇焕不知道这些事，到北京后禀报皇上说要我要带兵进城，让长途跋涉的将士们好好歇歇脚。
通常情况下，勤王部队不进城，在城外作战。袁崇焕要求带兵进城更加让崇祯疑心。
崇祯一口拒绝。你把敌人领到家门口还不算完，非得领进门啊。你们是哪头的我还不知道呢，谁敢让你们进门？
崇祯只允许袁崇焕一个人进城。他把他叫进皇宫好言勉励，没有半句责备之语。大敌当前，用人之际，崇祯不能不讲究一下策略。私自议和以及金兵入关等问题等打完仗再说不迟。
金兵在北京城外肆意烧杀抢掠。袁崇焕依城防守，不为所动。受害百姓迁怒于袁崇焕，互相传唱歌谣：“投了袁崇焕，鞑子跑一半”。意思是只要朝廷把袁崇焕投入监狱，鞑子兵不战自退，直言袁崇焕通敌。
大同总兵满桂、宣府总兵侯世禄等勤王部队陆续赶到北京，和袁崇焕一起在城外布防。
金兵将北京四面围住，发动强攻。明军和金军展开大战。
依靠城头炮火的支援，袁崇焕以少胜多击退了皇太极凶猛的进攻。战斗中袁崇焕亲自率兵作战，铠甲上中的箭象刺猬一样，并且险些死在金兵的刀下。
袁崇焕死战击退金兵，取得了北京保卫战的胜利。
金兵向东撤走。一个被金兵抓获的宦官趁乱逃走，回到皇宫。他向崇祯报告，说他在金营听人说，皇太极此番前来是应袁崇焕之约。
宦官不知道这是金人的反间计。金人故意说话让他听到，然后偷偷放走了他。
崇祯信以为真，让人把袁崇焕叫来。
袁崇焕面见皇上。崇祯劈头盖脸质问他：你为什么不请示不汇报就擅杀毛文龙？金兵为什么能够长驱直入杀到北京？
“崇焕不能对。”袁崇焕无言以对。不知道袁崇焕是被问蒙了还是理亏。
崇祯认为袁崇焕是默认了指控，大喝一声：来人啊，把“欺君通敌”的袁崇焕给我抓起来。
袁崇焕立即被押人锦衣卫大狱。
袁崇焕被抓，手下将士人心惶惶。袁崇焕手下大将祖大寿担心受到株连，率兵东去，攻破山海关，北上锦州。
崇祯大惊，急忙让袁崇焕在狱中写信召回祖大寿。崇祯命人转告祖大寿，希望他立功为袁崇焕赎罪。祖大寿得信后率军返回山海关。
皇太极撤离北京还没走远，听说袁崇焕下狱、祖大寿北返，立即带兵杀了一个回马枪。
金兵再次强攻北京。祖大寿带走了战斗力最强的辽东部队，第二次北京保卫战险象环生。满桂兵败，战死沙场。
但是皇太极击败勤王部队后没敢进攻北京城。因为明军的增援部队从四面八方赶往北京，金兵南下途中攻陷的城池已经陆续被明军收复。皇太极担心后路被断，放弃攻城，率军一路又杀了回去。
北京侥幸逃过一劫。
再说崇祯把袁崇焕下狱，一直没想好怎么处置袁崇焕。
阉党残余恨内阁大臣钱龙锡主持追查阉党，想借袁崇焕案搞倒钱龙锡。钱龙锡是袁崇焕的举荐人。阉党便指责钱龙锡跟袁崇焕是朋党，对袁崇焕擅杀毛文龙、私自议和事先知晓但隐瞒不报。
崇祯最恨结党，尤其是朝臣跟边将互相勾结，下令将钱龙锡下狱。通过审讯，锦衣卫上报钱龙锡“私结边臣，蒙隐不举”罪名成立。崇祯下令处死袁崇焕，将钱龙锡判了个死缓。
袁崇焕案引起朝内连锁反应。曾经支持过袁崇焕的人被追究连带责任。内阁大换血，引发各派势力内斗。各种党派势力又开始角逐朝廷。朝廷又乱套了。
崇祯从此不再相信将军们，往军队派宦官监军，监视军队的一举一动。宦官势力在魏忠贤倒台后重新崛起。