1603年——1615年??因万历怠政，朝廷运作几近瘫痪。
1603年，全国各地相继发生水灾，田舍俱没，死伤无数。万历对此无动于衷。
凤阳巡抚愤而上书：洪水滔天，饥民蜂起。陛下以内府匮乏为由拒绝赈灾，相反继续征收赋税。我预感祸乱不远了。奏折送进宫如泥牛入海。
吏部上书万历，官员职缺严重，例如“天下郡守缺几十之五”，知府缺少几乎一半，已经严重影响政府运转，急需补选新的官员。奏折上去，一直没有任何回复。
后来吏部上书汇报官员考核结果，建议罢免不称职者、年老多病者、贪酷成性者、品行不端者官员若干名。万历依旧不予答复。
1604年，京城连降大雨，两月不停。城墙都泡塌了一大截。民房更是损坏无数。更让朝野震惊的是，雷把明成祖陵墓的明楼（建造在方台之上放碑的楼阁）给劈了。
随后，福建发生八级大地震，山崩地裂，房倒屋塌。地震波及浙江、江西、广东等地。
天降异象被认为是老天爷对天子的警示。作为皇帝照例要下诏求言，让大家批评指正自己的过失。
万历倒是下旨了，让大家畅所欲言，说说我哪做的不对了。
大家的问题集中在矿监税使和万历怠政上面。但是折子递上去后又如泥牛入海。万历依旧没有回应。
内阁的三位阁老商量：按正常程序上书没有效果。皇帝不看给你留中了，你也没辙。咱们集体去宫门跪交奏疏，请求皇帝接见。
当时的首辅是沈一贯。沈一贯率内阁大臣冒着大雨跪到宫门请愿，请求万历接见内阁，面呈奏疏。他们跪了一天也不见皇帝出来。最后出来一个太监，告诉他们皇上说了：回去好好工作，不要搞沽名钓誉那一套。阁老们绝望了。
沈一贯申请退休。另一位阁老跟沈一贯同进退，也申请退休。内阁只剩下一位叫朱庚的阁老。万历任命朱庚为首辅。
朱庚哭笑不得。我入阁三年连皇帝的面都没见过。一纸诏书我成了首辅。内阁只有我一人。我这个首辅领导谁去？
朱庚上书请求增加内阁大学士。万历没有回音。朱庚以年老体衰申请退休。不准。最后朱庚累死在工作岗位上。
第二年，海南又发生7.25级地震。震中地区陆陷成海。随后北京也发生地震。
大臣沈鲤进谏要求停止开矿，称矿监四处开矿损伤了龙脉，将危及万历身体。
沈鲤从这个角度进谏打动了万历。万历下令停止开矿。
实际上，万历派出去的宦官矿监早就不开矿了。开矿是个技术活，宦官哪有那本事。有溜须逢迎之辈说哪有矿，宦官就要求地方政府出人出力去开矿，常常是浪费了大量人力物力一无所获或者得不偿失。宦官为了完成任务，放弃开矿改收矿税，不管有没有矿他都要收税。开矿成了加税的借口。加收的这些税金都进了万历的内帑（皇帝私人小金库）。万历的内帑一共捞了多少钱无人知晓，只知道万历死后留下没花完的钱有三千万两白银。
国家财政入不敷出，万历的内帑钱多得花不完。
1608年，户部报告万历，辽东欠饷14万，蓟州50万，宣府20万。“欲救燃眉以保重地舍借内帑”，希望借内帑应急。万历不理。
辽东总兵李成梁以孤堡难守为由撤掉辽东六堡，放弃了八百里疆土。
辽东六堡是明朝东北边境的前哨堡垒，东防朝鲜，西防女真，北防兀良哈，战略位置非常重要。
但是要守住六堡需要有足够军队和粮饷。辽东明军在朝鲜战争以后没有得到足够的兵员补充，粮饷也不能保证足额、按时发放。李成梁为了节约成本，撤回军队和百姓，废弃六堡。女真人迅速填补真空，占领了六堡，白捡了八百里土地。
前哨重镇说废就废，八百里疆土说扔就扔，李成梁的做法让朝廷震惊、震怒。大臣纷纷弹劾李成梁“弃地”“啖（喂）虏”，要求处死李成梁。
万历让辽东巡按熊廷弼去调查此事。
熊廷弼回奏：“谓之献地，不止弃地；谓之通虏，不止啖虏”。李成梁不是弃地而是把土地送给女真，不是啖虏而是私通女真。熊廷弼认为李成梁“挟寇自大”，意图巩固自己在辽东的权势。
万历念在李成梁“镇辽年久有功”的份上，让李成梁体面退休。
万历任命将军杜松接替李成梁镇守辽东。
同年年底，蒙古兀良哈所属朵颜部落进犯蓟州。兵部请求朝廷筹措军费应战。户部没钱，请求借用万历的内帑。万历不许，让户部挪用太仆寺（负责管理车马的机构）购马款。兵部拿到钱后征调辽东军队夹击朵颜。朵颜得到风声，在蓟州劫掠一番后离去。
杜松率领辽东部队去抄朵颜的后路。他不敢碰朵颜，袭击早已归顺明朝的蒙古拱兔部落，谎报战功。
拱兔没有参与朵颜进犯，平白无故遭受袭击，怀恨在心，伺机报复。
第二年，拱兔聚众叛乱，出兵袭击辽东。明军迎战被击溃，损兵折将。拱兔攻破锦州要塞大胜堡（辽宁锦州凌海市温滴楼镇大胜堡村）以屠城泄愤。杜松畏战，不敢出援。
熊廷弼将大胜堡惨案的前因后果调查清楚后上书万历弹劾杜松。万历仅仅是将杜松免职而已。
此时明朝军政都已败坏。但万历沉溺后宫，朝廷百官沉溺党争，君臣都无心打理朝政。明朝政局日益混乱，到了无法收拾的地步。
各地旱涝地震不断，大臣以天降异象进谏万历励精图治。万历对灾祸频发已经麻木了，置若罔闻。
北京内城的正阳门箭楼发生不明原因的火灾。大火烧了一天一夜，把箭楼完全烧毁。
大臣进谏万历：当年天火烧了皇宫正殿不见皇上警醒，于是再烧皇城正门希望引起皇上重视。如果皇上锐意进取，勤于政事，信饬百官，关爱百姓，局面尚可挽回。否则，社稷危矣。
万历竟然还是不理，油盐不进，执意把怠政进行到底。
郑贵妃的儿子朱常洵被封为福王。按规矩，皇子一旦受封就应该去封国就任，古称就藩。但郑贵妃舍不得儿子，想让儿子留在身边。万历宠爱郑贵妃，允许朱常洵常住京城。
群臣不干了，认为这样做有违祖制。既然福王被封洛阳就应该住到洛阳的王府去，不能一直赖在京城不走。群臣不断上书催促福王就藩。
万历对这帮大臣烦透了，不理他们。
群臣一直闹，不达目的誓不罢休。
太后出来说话，万历才不得不让朱常洵去洛阳就藩。临走时，万历倾囊而出，把矿监税使历年进献的奇珍异宝都交给朱常洵带走。就这还嫌不足，万历又把宦官搜刮来的、抄张居正家抄来的金银财宝也都给了朱常洵。民间传言万历“耗天下以肥王”。
经过这一轮轮交锋，万历对群臣又恨又怕又无奈，更是不愿上朝。你们爱怎么折腾怎么折腾吧，我不管了。他以怠政报复群臣。
万历撒手不管，工作没法正常进行，朝廷几乎陷入瘫痪。
如果员工消极怠工，老板可以辞退员工。老板消极怠工，员工不能辞退老板。受理学影响严重的大臣们也不会轻易动废君另立的念头。
大臣们请万历上朝主持朝政。万历说去不了，身体不适。大臣们请他主持祭祀典礼。万历说体力不济，走不动。大臣们说奏章你总得批吧？万历说精神不济，看不过来。大臣们问他到底是什么病怎么严重？万历说肝火旺盛。言外之意，让你们气得。
明朝是集权最严重的朝代，一切权力归于皇帝。皇帝不点头什么事都干不成。万历怠政使整个国家机器无法正常运转。火车跑得快，全凭车头带。车头要熄火，整列都歇菜。
万历后20年不理朝政使得户部不能正常筹措、发放粮饷，工部不能正常制造Q械，吏部不能正常任免官员，兵部不能正常招募、训练军队……
整个朝廷全乱套了。
从中央的三院六部二衙门到地方的州府县，各部门主事的缺员过半。职位出现空缺不能及时补充，出现一人兼数职，一人掌数印现象。
大臣急得火上房似的，拼命往宫里递告急折子。但他们的折子进了宫就像石沉大海一样没有了声息。有时大臣怀疑皇帝已经归天了，可是偶尔蹦出来一星半点的批复好像在告诉大家：人在呢！人在呢！
在朱庚之后，万历又任命李廷机为首辅。
李廷机入阁一看，中央九部只有31位官员，缺员24人。一个人要兼两个人的活。有的部门一个上班的都没有，连大印都不知道扔哪去了。
李廷机请求万历赶紧把吏部任命官员的折子批了吧。万历没有回音。
李廷机给万历上的奏折，十份批不了一份。李廷机越干越窝火，申请辞职。
他为了显示自己必走的决心，把老婆孩子打发回老家，把京城的住房捐了，卷铺盖住进庙里等着。他给皇帝上辞职报告。没音。再上。还没音。一直上。一直没音。他五年时间写了一百多份辞职报告。皇帝音信皆无。他辞职没辞成，倒落下个“庙祝阁老”的外号。
李廷机实在忍无可忍，挂冠而走，不辞而别。这本是杀头的罪名。万历竟然也没追究，可能是懒得追究，也可能自觉理亏。
朝廷乱成一团。国家乱成一团。万历就是龟缩后宫，不闻不问。
万历龟缩皇宫的第26年，也就是1615年，出来和群臣见了一次面。因为宫中爆出“廷击案”引起民间宫廷政变的猜想，万历不得不亲自出来澄清。
“廷击案”是明末三大案之一，说的是有人手持木棍闯入太Z宫中乱打被警卫当场擒获。
对于此案的定性群臣看法不一。一些人认为这只是一起精神病闹事的简单刑事案件，不值得大惊小怪。但更多的人认为事情并不那么简单，此人背后一定有“黑手”。这家伙恐怕是受人指使前去行刺的。那么“黑手”是谁呢？大家都怀疑是郑贵妃，一定是她想杀死太子让自己的儿子取而代之。
这话传进宫里，郑贵妃听到后跑到万历那里哭诉。万历让她去太子那里当面把这事解释开，自己代她去跟大臣说。
为了平息谣言，20多年没上朝的万历破天荒地露了一次面，召开了一个新闻发布会。很多大臣都是第一次见到老板的真容，激动得浑身哆嗦。万历简单说了几句话后起身离去，此后至死再没露过面。