1400年——1403年??建文帝几次进剿皆败。朱棣率军南下渡江。建文帝兵败不知所踪。朱棣称帝，是为太宗、成祖。
李景隆狼狈逃回德州。朱棣丝毫不给对方喘息的机会，率军进攻德州。李景隆不敢迎战，再逃济南。朱棣留一部分军队占领德州，率领其余军队杀奔济南。李景隆这时已经收拢了十多万败兵，见朱棣军队不多，硬着头皮出城迎战。朱棣不等他排好阵型便发动进攻。官军被杀了个措手不及，大败而逃。
朱棣进攻济南，打算占领济南后继续追击李景隆。但是济南守将铁铉率部死战，挡住了朱棣的攻势。
朱棣派人挖掘河堤，打算用河水灌城。铁铉见势不妙，假意投降，设计诱捕朱棣。朱棣信以为真，率军过来接收济南。城上守兵见朱棣骑马进入城门，立即放下城门铁闸。可惜他们放早了一秒钟，铁闸砸中朱棣坐骑的马头，让朱棣死里逃生。
朱棣大怒，不计伤亡猛攻济南。铁铉督众固守。朱棣连攻仨月也没攻下。
李景隆的副将盛庸收拢败兵20万人，进驻单家桥（河北沧州献县单桥村），准备切断朱棣的后路，与铁铉联手夹击朱棣。
朱棣见势不妙立即撤围而返。铁铉出城追击，斩获颇丰，并且顺势收复了德州。官军士气大振。
建文帝让盛庸接替李景隆，让铁铉做盛庸的副手，重组军队第三次围剿朱棣。
官军进驻定州、沧州一线，再次逼近北平。
朱棣趁官军立足未稳，出兵袭击沧州，将沧州一举拿下，打破官军的包围圈，然后顺势南下去找盛庸决战。
两军在东昌（山东聊城）遭遇，随即爆发大战。
朱棣仍然是身先士卒冲向敌阵。盛庸不敢伤害朱棣，但想出一个应对之策。官军见朱棣杀来主动闪到一边放朱棣入阵，等朱棣入阵后截击朱棣后续部队，把朱棣困在阵中。朱棣的部将见朱棣被困不顾一切往里面攻，要把朱棣救出来。朱棣也拼命往外冲。最终朱棣侥幸逃脱，但部队死伤惨重。朱棣只能带着败兵逃回北平。
官军获胜后进一步向北平逼近。盛庸进至夹河（在河北衡水武邑县境内）。盛庸的先锋官平安进驻真定（河北石家庄正定县）。
朱棣再次杀出，率军再战盛庸。
朱棣改变打法，让主力正面强攻，自己伺机绕到敌阵后面夹击。此战打成僵持，不分胜负。来日再战仍是相持不下。就在这时，狂风骤起，风沙扑面。朱棣一方是顺风，基本不受影响。官军那边是逆风，士卒被风沙眯眼，看不见东西。朱棣趁机发动总攻，一举击败官军，“斩首十万余级”。盛庸收拢败兵退守德州。
朱棣打败盛庸，马不停蹄进军真定。
平安率军迎战，与朱棣在藁城（河北石家庄藁城县）展开大战。
两军激战正酣，“忽大风起，发屋拔树”，风大得能推到房屋拔起树。朱棣乘风攻击，大败官军，“斩首六万余级”。平安逃回真定。
朱棣每到关键时候都有老天爷出手相助，运气爆棚。他也因此相信自己是天命所归。
朱棣乘胜南下，连克顺德（河北邢台）、大名（河北邯郸大名县）、林县（河南安阳林县）。
盛庸命令平安和大同守将房昭趁虚而入进攻北平。
朱棣闻讯急忙回军自救。之前攻占的城池都不要了。
战争回到起点。双方转入对峙。
朱棣大战三年，歼敌数十万，但实际占领的地盘只有北平、保定、永平三郡而已。
朱棣意识到这么打下去凶多吉少，虽然胜多负少，但自己人少地小，战争资源有限，打消耗战会耗死自己。他开始苦思摆脱困境的良策。
这时京城的内线传来一个情报：建文帝把后方军队不断派往前线，后防空虚。如果他能突破官军的包围圈可以直捣黄龙。
1401年，朱棣倾巢出动再次南下。这次他没有去围攻官军重兵据守的城池，而是绕过据点从馆陶（河北邯郸馆陶县）抢渡黄河，杀奔徐州。目标直指长江。
他这种打法非常冒险，深入敌后一旦有什么闪失想回都回不来了。
平安发现朱棣突破自己的防区杀奔江淮，大惊失色，急忙放弃城防尾随而来。为了追上朱棣，平安日夜兼程全速前进。
朱棣得知平安追到，立即在淝河（安徽境内）设下埋伏。等追兵气喘吁吁跑进埋伏圈，朱棣突然挥军杀出击败追兵。
朱棣摆脱追兵进至小河（濉河）又被建文帝派来的阻截部队拦住去路。官军将领何福早已在河对岸布下防线。
朱棣接连发动两次进攻都未能击破小河防线，自己也险些做了何福的俘虏。部下都劝朱棣赶紧回去吧。趁后路还没被切断，回去还来得及。等各路勤王部队赶到，我们想走也走不了了。但朱棣不肯。
朱棣发现何福营中有士兵出来挖野菜摘野果，断定对方营中缺粮。何福一定是因为赶时间轻装前进，把辎重粮草落在后面。朱棣于是率军趁夜渡河，悄悄绕到敌营后面切断了他们的粮道。
何福发现粮道被断，马上出兵争夺。建文帝得知朱棣打到淮河，急调徐达的儿子徐辉祖率兵拦截。两支官军前后夹击朱棣。
双方展开激战。朱棣这边左支右绌被杀得大败，连折几员大将。
朱棣部下劝他赶紧撤回河对岸。朱棣坚决不同意。他说：我们多在这里坚持一天，对方就多饿一天，战斗力就多下降一分。
部下担心深入敌后腹背受敌凶多吉少。朱棣说：那咱们发扬一下民主，大家投票。同意渡河的人站到左边去。同意坚持下去的人站到右边来。结果他手下将领全都站到左边。
朱棣很没面子，发怒道：那你们走吧！我自己在这里坚持。
大家见朱棣发了脾气，不敢再多说什么。
建文帝得到战报说朱棣惨败，灭亡在即，大喜之余下令徐辉祖撤回。既然朱棣已经快完了，还留那么多军队干嘛？让何福留在那里清剿残敌，让辉祖回来保卫京师。
建文帝匪夷所思的决定救了朱棣。徐辉祖一走，朱棣压力陡轻，转危为安。
官军送来粮草被朱棣截住。何福饿急眼了，不顾一切出兵抢夺，但被朱棣早已设下的伏兵杀败。粮草全部被朱棣夺走。
何福有些傻眼。将士们都饿着肚子，这仗可怎么打？他决定南撤，命令部队明天一早出营集合，退守淮河重新布防。集结信号是三声号炮。
与此同时，朱棣判断敌军没了粮草一定军心大乱，决定趁机发动进攻。他命令部队天不亮就出发，潜伏在敌营四周，听得三声号炮，一起动手。
双方不约而同都约定了三声炮响，只不过一个是撤，一个是攻。
次日一早，朱棣的部队进入到进攻位置。政府军将士也打好背包侯在营门前。
朱棣下令放炮。只听得“咚、咚、咚”三声炮响，朱棣的将士们呐喊一声冲向敌营。这时，营门一开，政府军扛着大包小包蜂拥而出。他们以为三声号炮是自己人发出的。
出营的士兵一看不对赶紧回挤。营中的士兵不明就里还在往前挤。营门口挤成一个大疙瘩。朱棣的军队杀到，砍出一条血路冲入营内。如同黄鼠狼进了鸡窝，鸡飞狗跳之后一地鸡毛。
何福见局面失控已经无法挽回，骑上一匹快马夺门而逃。
朱棣大胜之后顺势杀过淮河。朱棣绕过有重兵驻守的城池，直取守卫薄弱的扬州。扬州守军望风而降。
拿下扬州，南京隔江而望。
建文帝吓坏了，派人向朱棣请和。他向朱棣保证再也不削藩了，并且还要增加朱棣的封地。朱棣对此嗤之以鼻。
建文帝求和不成，只得硬着头皮迎战。他下诏勤王，急调各路兵马回援。盛庸奉命放弃山东回撤长江南岸布防。
官军收缴了江北民船，让叛军没法渡江。但建文帝任命的水军都督陈瑄率领水军投降了朱棣，将叛军渡过长江。长江防线立马崩溃。盛庸单骑逃走。
叛军杀散长江守军，直逼南京。
建文帝想跑。翰林大学士（负责起草诏书，参与政事）方孝孺极力阻拦，劝建文帝固守待援。他说南京还有20万兵，凭城固守还怕挡不住叛军吗？等勤王大军一到，内外夹击，南京城下就是叛军的坟场。建文帝于是打消了逃跑的念头。
建文帝固守待援等待勤王之师。
建文帝分派诸王把守城门。他的十八叔，也就是朱棣的十八弟，谷王朱橞[huì]负责把守北边的金川门。
朱棣兵临城下。朱橞站在城墙上看到哥哥朱棣，不愿跟哥哥为敌，下令打开城门。朱棣兵不血刃就占领了京城。
在城陷的那一刻，建文帝万念俱灰举火自焚。
不过有人说建文帝并没有自杀，而是潜逃出城隐居海外，出家做了和尚。朱棣后来派郑和下西洋就是为了搜捕建文帝。
朱棣进驻南京，当仁不让做上了皇帝，宣布“靖难之役”胜利结束。
各地赶来增援的勤王部队听说建文帝自焚了，无奈之下投降了朱棣。朱棣命令他们各归本营。
纵观朱棣的“靖难之役”，取胜的关键一是运气，二是建文帝太蠢，三是朱棣指挥出色。老天爷帮朱棣也就罢了，建文帝瞎指挥在无形中也帮了朱棣。最可笑的是，朱棣都已经反了，建文帝还命令前线将领不准害了朱棣的性命，搞得前线将领在作战中缩手缩脚。朱棣的胜利可以说是建文帝送的。