564年——568年南陈帝陈蒨死，太子陈伯宗立，皇叔陈顼[xū]辅政。北周帝宇文邕杀权臣宇文护，亲政。陈蒨平王琳等江南诸侯，统一江南。
北周和北齐争战期间，南陈抓紧时间平定江南。陈蒨在西部大致安定以后开始讨伐东部不肯归附的割据军阀。
从江浙到福建，各路军阀名义上向南陈称臣但不遵南陈号令，处于半独立半割据状态。之前没有功夫也没有余力管他们，只能尽力安抚。现在长江流域都统一了，陈蒨开始收拾这帮军阀。
缙州（浙江金华东阳市）刺史留异跟王琳暗中勾结，随时准备起兵反叛。陈蒨打败王琳后立即调转枪口去打留异。
侯安都率军杀入缙州。留异负隅顽抗，依据山险阻击侯安都。侯安都亲自率军冲锋。战斗中，侯安都被流箭射中，血染征袍，但神色不变，坐在战车上继续指挥。官军一鼓作气打败留异。留异战败逃往福建，投奔闽州（福建福州）刺史、他的女婿陈宝应。
陈宝应是江南内地势力最大的军阀。以前江南军阀属王琳最大，王琳败了以后就属他了。东南地区的军阀都尊他为老大。
陈蒨没急着打陈宝应，先派兵讨伐留异一党、江州刺史周迪。
陈蒨的弟弟陈顼[xū]率军打败了周迪。周迪战败后也逃往闽州。叛党在闽州聚集。
陈蒨没了后顾之忧，准备集中精力对付陈宝应。这时有人告侯安都谋反。
侯安都对于陈蒨来说可谓贵人。如果不是他力挺陈蒨，陈蒨也做不了皇帝。陈蒨登基后，北周为了给南陈添乱，放回陈霸先的儿子陈昌，让他回去争位。侯安都假意迎接陈昌，半途把陈昌推入江中淹死，以陈昌失足落水上报朝廷。南陈避免了一次政治危机。
作为战将，侯安都跟随陈霸先南征北战东挡西杀为南陈立国立下汗马功劳，后来作为陈蒨首席大将平王琳、收湘州、讨叛将为平定江南又立下赫赫战功。
侯安都是南陈的第一大功臣。
但军人出身的他身上有很多毛病，比如不拘小节，傲慢骄横，不尊法度。
他自以为有拥立之功跟陈蒨说话也不讲个上下尊卑。在一次陈蒨主持的宴会上，他竟然歪着身子坐，借着酒劲问陈蒨：当皇帝可比你以前当王爷强多了吧？陈蒨装没听见不理他。侯安都又问一遍，陈蒨还是不理，以为侯安都能识趣。没想到侯安都又当众追问了第三遍。陈蒨只好耐住性子回答：这多亏了您当年的大力支持。侯安都听了很开心。他就是想听这句话，也想让大家都听听。但是陈蒨很不开心，觉得侯安都将来可能恃功作乱。
对皇帝有大恩并且跟皇帝不讲尊卑上下，这在皇帝眼中就是谋反的前兆。陈蒨开始提防侯安都。
陈蒨派人监视侯安都。像侯安都这种不拘小节的人挑他毛病太容易了，何况是带着有色眼镜来挑。陈蒨很快确认侯安都有谋反之心，决定除掉他。
侯安都打败留异，士气正旺，打算乘胜南下灭了陈宝应。陈蒨却命令侯安都立即回京述职。侯安都回京后，陈蒨假借庆功酒在宴会上逮捕了侯安都，然后把他杀了。
大战未发先斩了自己一员大将。不过陈蒨认为这样做是值得的，一则消除隐患坐稳皇位，二则杀人立威让人不敢轻视自己。
陈蒨重新调兵遣将讨伐陈宝应。
564年，陈军从江海两路夹击闽州，一战打垮陈宝应。陈宝应和留异被陈军抓获杀掉。周迪战败后藏匿深山，最终难逃一死。陈蒨打败陈宝应收复了福建，随后又扫平了周边各路小军阀。陈蒨最终统一了江南。
南陈从建康一地白手起家，经过陈霸先、陈蒨两代十年的努力终于统一江南。不过南陈仅仅占有长江以南地区，是南朝宋齐梁陈四国中版图最小的。
陈蒨在平定江南之后病了。他觉得自己可能不久于人世，开始考虑继承人问题。
他的太子年纪还小，才十几岁。他从守住江山社稷的角度考虑认为应该立个成年的国君。乱世宜立长君。他暗示想让弟弟陈顼继位。但这个想法遭到亲信大臣的反对。他们执意要让太子陈伯宗继位。陈蒨只得作罢。
陈蒨死后，陈伯宗灵前继位。
陈蒨死时45岁。陈伯宗14岁。陈蒨30多岁才有了第一个孩子，这在那个年代很不常见。
有一个关于陈蒨八卦传说，说陈蒨有一个男皇后。
男皇后是指他的宠臣韩子高。史载韩子高“容貌美丽，状似妇人”，“文帝（陈蒨）甚宠爱之，未尝离于左右”。
传说陈蒨曾戏言如果有朝一日做了皇帝会封韩子高为皇后，只可惜他是男的。韩子高则言古有女皇帝，今为什么不能有男皇后。于是有人称韩子高是陈蒨的男皇后。
如果韩子高真是陈蒨的娈童，也就是说陈蒨好男色，倒容易理解他为什么一直没有孩子。
还有一个八卦传说跟陈蒨有关，就是女驸马。
女驸马是说民女冯素贞女扮男装进京赶考，本想挣个一官半职回家救情郎，结果考中状元并被招为驸马。
女驸马的传说极大可能只是个传说。科举在隋朝才开始出现，冯素贞不可能考状元。虽说南梁就已经出现科考的雏形，但那不代表南陈就有了科考。再说南陈从建国开始就一直在打仗，哪有闲心举办科考？
女驸马的传说有可能脱胎于男皇后。
因为陈伯宗尚未成年，陈蒨遗命陈顼、到仲举、刘师知临朝辅政。但陈蒨刚一闭眼，朝廷就发生夺权内乱。
刘师知、到仲举等人作为陈蒨亲信，一直在朝中参与决定各项政务。陈顼则一直在外面领兵打仗。陈顼被任命为辅政大臣后入住尚书省。刘师知等尚书省老人比较排斥他，不愿跟他共事。刘师知假借太后的意思让陈顼回到自己的辖区去。陈顼问过太后和皇帝后发现刘师知撒谎，立即起草诏书让皇帝签字，将刘师知下狱处死。到仲举也受到牵连被罢官。自此陈顼掌握了朝廷大权。
那个男皇后韩子高被陈蒨封为右卫将军（禁军统帅之一），手握军权。他掌控的兵马是诸将中最多的。有人指控他与到仲举勾结谋反。陈蒨于是将韩子高和到仲举处死。
刘师知、到仲举、韩子高都是陈蒨的亲信，被陈蒨一手提拔起来的，对陈蒨忠心耿耿。他们先后被杀让人相信陈顼在搞清洗。
湘州刺史华皎是最早追随陈蒨的人，“都督湘、巴等四州诸军事”，掌握的兵马也不少。他见韩子高被杀，心里不安，总担心自己哪天也会被陈顼干掉。他派人秘密联络北周，准备叛变。
陈顼先发制胜，调动各路大军围剿华皎。华皎请求北周出兵相救。
宇文护两次伐齐都大败而归，威望受损，亟欲挽回颜面，下令出兵南陈。手下劝他东征刚吃了败仗，死伤过半，应该消停一段时间，休兵息民，恢复实力，不要急于开战。宇文护不听。
北周派出三万步骑兵，会合西梁的水军，一起去打郢州。
西梁作为北周的附属国被北周当做进攻南陈的桥头堡、防御南陈的缓冲区。之前，南陈跟北周签订了互不侵犯条约，南陈跟西梁井水不犯河水。湘州前来归附北周，西梁便想趁机扩张，派出水军跟随北周杀入南陈。
华皎率领水军赶赴郢州配合周军作战。
陈顼见华皎去打郢州，立即派兵去偷袭湘州。华皎得报，率军顺江东下进攻周军水军，试图逼迫陈顼撤回袭击湘州的军队。
两军的水军在郢州江面上展开大战。
周军先把小船派出去迎战华皎的大船，不为取胜，只为消耗华皎水军的弹丸。
水军作战主要是靠远程武器互相攻击。现代水战是用炮轰。古代没有炮，用抛石机扔石头摧毁对方舰船。石头受载重量限制不能配备太多，用完就完了。
周军见对方弹丸耗尽，派出大船与敌决战。抛石机劈头盖脸一通狂轰滥炸把华皎的舰船打得纷纷沉没。华皎情急之下，下令火攻。华皎的舰船点燃柴火冲向周军舰队，没想到风向忽转把自己烧了。周军趁机进攻，大败华皎。
华皎逃走，不敢回湘州，逃往江陵。
正在攻城的周军见状也撤围而走。他们没船渡江只得撤往湘州。但这时陈军已经攻克湘州。周军在荒郊野外，没有吃的，也没处可去，只得向陈军投降。
陈军乘胜杀向江陵，打算一举灭掉西梁。
北周军队据守的沔[miǎn]州（湖北孝感汉川市）首当其冲受到攻击。适逢大雨，江水暴涨。陈军的舰船一直开到周军的城下，用舰船上的抛石机猛轰城墙。周军死战，顶着枪林弹雨坚持了一个多月。城陷之后，周军仍不肯投降，跟陈军展开巷战。但终因寡不敌众，周军兵败被俘。
陈军进而进攻江陵。梁军也跟陈军死磕。双方攻守百日不分胜负。陈军有些泄气。梁军趁机出城袭击陈军，将陈军击败。陈军退守公安与梁军对峙。
此战虽然没能灭了西梁，但平定华皎之乱，连败周、梁、湘三军，已经足以让陈顼声望巨增。陈顼受封太傅、司徒，受赐“剑履上殿”的殊荣。陈顼离皇位只有一步之遥。