朱熹晚年遭到过御史的弹劾。
监察御史沈继祖上书弹劾朱熹，指控朱熹犯有六大罪：不孝其亲、不敬于君、不忠于国、玩侮朝廷、怨望皇帝、强拆县学。并且罗列朱熹十几条失德之处，其中包括霸占朋友的家产、勾引两个尼姑做妾、让守寡的儿媳怀孕、儿子偷人家牛宰了吃了等，证明朱熹是一个满嘴里仁义道德，一肚子男盗女娼的伪君子、假道学。
朱熹口口声声说“修身，齐家，平天下”。你勾引尼姑算修身吗？儿子偷牛算齐家吗？御史建议皇帝处死朱熹，“以为欺君罔世、污行盗名者戒”。
但宋宁宗念在朱熹曾为帝师的份上并没有处死朱熹，只是罢了他的官职。
朱熹上表谢恩，在认罪伏法的同时感激皇上的宽大处理。
不过，后世关于朱熹是否有罪的问题一直争论不休。
《续资治通鉴》说沈继祖：“因诬熹大罪有六”。他用一个“诬”字表示朱熹无罪，认为这是韩侂胄一派对赵汝愚一派的政治迫害。
通观六大罪也的确有上纲上线之嫌，甚至是莫须有。因为朱熹母亲一句抱怨话就说朱熹不孝，因为朱熹对宋孝宗墓地选址有异议就说朱熹不忠，有点言过其实。根据断章取义的一句诗就说朱熹怨望皇帝更是标准的文字狱。
但是让人不解的是，朱熹没有为自己分辨而是上谢罪表感谢皇帝从轻处理。
这有几种可能。
一是朱熹诚心认罪。有些言行在现代不属于犯罪，但在当时不被允许。比如跟宰相赵汝愚交往过密有结党之嫌，在赵汝愚遭皇帝贬斥病死后率众哭祭有为赵汝愚叫屈之嫌。这些事会让皇帝觉得朱熹跟自己不一条心。
二是朱熹违心认罪。这其中又有两种可能，一是出于忠君，服从皇帝的任何判决，包括错误判决。我没罪，但皇帝认为我有罪，那我就认罪，不能反驳皇帝，让皇帝没面子。另一种情况是担心拒不认罪会引来朝廷进一步惩罚。
第一种可能性最大。因为朱熹的理学的核心是三纲五常。三纲就是君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲。三纲的说法最早来自于孔子。孔子讲过“君君、臣臣、父父、子子”的话，意思是君要有君的样子，臣要有臣的样子，父有父的样子，子有子的样子，各守各的本分，各尽各的义务。他主张臣忠君，子爱父，但认为君臣、父子的权力和义务是双向的。而朱熹把三纲解释成臣对君、子对父、妻对夫的绝对服从。上对下只有权力，下对上只有义务，权力和义务不再是双向的。朱熹要求下服从上要到盲从程度，臣忠君要到愚忠程度。因此他明知皇帝的处分是错误的决定也不肯辩驳而选择违心服从以维护皇帝的权威。
第二种情况也不是没有可能。皇帝已经做出裁决，朱熹拒不认罪会被认为是死不悔改，激怒皇帝。所以朱熹识时务为俊杰，向皇帝认罪服法争取个好态度。
有人认为存在第三者可能，朱熹借谢罪之名反驳御史对他的指控。
朱熹在谢罪表中有“乞赐睿断”之语，也就是希望皇帝裁决。有人认为这句话摆明了朱熹没有认罪。
但是朱熹的原话是“臣寮奏臣罪恶，乞赐睿断，褫职罢祠，奉圣旨，依”。意思是御史弹劾了朱熹，朱熹希望皇帝下旨给与自己免职处理，皇帝依奏批准。朱熹在另一份谢罪表中说的更明白：“臣寮奏臣罪恶，乞与褫职罢祠，奉圣旨，依。”也就是说朱熹要求皇帝给与“褫职罢祠”的处分，并非要求皇帝重新审查御史的弹劾。
随后朱熹说我已经在接旨的当天谢恩离职，为“幸免于严诛”而“感极涕零”。
很显然，御史要求处死朱熹，宋宁宗没有批准，只将朱熹免职。朱熹为幸免一死而感激涕零。
因此“乞赐睿断”之语并非朱熹不认罪，仅仅是朱熹认为自己罪不至死而已。
谢罪表中还有一句话“而臣聩眊（昏聩），初罔闻知”。这句话被当做朱熹不认罪的铁证。也就是说朱熹面对御史的指控，声称自己对御史说的这些事情在此之前听都没听说过。但是“初罔闻知”要是这么翻译的话，紧接着后半句“及此省循，甫深疑惧”就没法翻译了。如果翻译成：我因此反省自己，深感恐惧。跟前面的意思明显不搭。所以，根据上下文的意思，“初罔闻知”这句还是翻译成自己以前不知道这是犯罪比较合适。
总而言之，朱熹没有否认御史指控的事，只是认为那些事构不成犯罪。史书所说的“诬”也是如此。
另外，对于御史指控的附加罪，也就是失德的地方，朱熹是否承认也同样存在争议。
对于沈继祖所列十几条失德之处，史书没有明确否定。而朱熹本人在谢恩表中也没有明确否认。
朱熹的原话是“以至私故人之财而纳其尼女，规学宫之地而改为僧坊。谅皆考覆以非诬，政使窜投而奚憾”。
“谅”字在现代字典中有几种解释：宽恕、信实、推想、固执。但在古代字典《说文解字》中只有一种解释：谅，信也。众信曰谅。也就是现代字典的里“信实”。大家都相信的事实被称作谅。
如果当信实讲，那么朱熹这句话就应该怎么解释：至于昧人财产，纳尼姑为妾，拆了学校改寺庙，确实都是经过查证而不是诬告，我因此被放逐也没什么遗憾的。
如果当推想讲，朱熹这句话就变成：想必都是经过查证而不是诬告。这明显是说反话。但是如果是反话的话，后面的“政使窜投而奚憾”以及“深省昨非，细寻今是”就显得不搭了。
前面认错，后面表示要痛改前非，重新做人，这才感觉配套。
弹劾书中的附加罪大多是生活作风问题，算不得罪，但有损朱熹的名誉。
朱熹是不是“纳尼为妾”包养二奶，他的儿子是不是偷过人家牛，他的儿媳是不是在守寡期间怀孕，这些事是否事实无法考证。支持朱熹的人认为这是政敌污蔑泼脏水。反对朱熹的人认为这是事实，甚至说他的儿媳怀的是他的孩子。但谁也在史料中找不到直接证据。史书也不会记载这些八卦。
不过有一件事能够得到史料的证实，就是朱熹在皇帝天下大赦时执意将牢犯处决。这事以其他人的角度看，觉得朱熹这人很正直，嫉恶如仇。但以皇帝的角度看，朱熹无疑是藐视皇威。
朱熹还有一点遭后人诟病，就是“以理杀人”。
朱熹把“理”凌驾于法之上。
朱熹给皇帝上奏时说过：“凡有狱讼，必先论其尊卑、上下、长幼、亲疏之分，而后听其曲直之辞。凡以下犯上，以卑凌尊者，虽直（真实）不右（宽恕）”。但凡遇到来告状的先看他告的是谁，分清原被告之间尊卑、上下、长幼、亲疏关系。下级告上级，那叫以下犯上；地位卑贱的告地位尊贵的，那是以卑凌尊。即使他所说的都是实情也不能饶了他。
朱熹不讲什么法律面前人人平等。他强调三纲、等级。下对上就应该无条件地服从。下级控告上级无异于大逆不道。
朱熹控告同僚唐仲友一案也使他陷入争议。因为案中涉及一个官妓严蕊。
此案最早是朱熹向皇帝投诉唐仲友“促限催税搔扰饥民”。饥民已经遭灾了你不说赈灾还照常催缴赋税，这不是把百姓往死里逼吗？
上级对朱熹的投诉置之不理。朱熹不依不饶连上六份奏章弹劾唐仲友。之后的奏章不仅包含唐仲友“不公不法事”，还夹杂着唐仲友生活作风问题。
据说朱熹严刑拷打严蕊要她揭发唐仲友。严蕊宁死不从，说：“身为贱妓，纵合与太守有滥，科亦不至死；然是非真伪，岂可妄言以污士大夫，虽死不可诬也”。
事情闹得朝野议论纷纷。皇帝被惊动，打听究竟出了什么事。大臣告诉皇帝不过是“秀才争闲气”而已。皇帝将朱熹和唐仲友一起调职，平息了纷争。
通过以上对朱熹的介绍，我们可以发现朱熹并非一个完人。金无足赤，人无完人。玉有瑕疵，人有不足。这是很自然的事。
朱熹是理学的创始人，被后人尊为圣人。所谓圣人就是至善至美之人，品德最高尚，智慧最高超，类似佛教里的佛。
但世界上哪有什么圣人？即便是被尊为天下第一圣人的孔子也有做的不那么尽善尽美的地方。所以孔子才说：“人非圣贤，孰能无过”。是人都会犯错。朱熹也是人不是神，也不可能至善至美。
但是自己有瑕疵却要求别人尽善尽美。这是理学家最遭人诟病的地方。理学家恨不能将不符合自己所制定的道德标准的人或事一棍子打死。
凡事不能走极端。水至清则无鱼。只红不专则会影响社会的进步。过于强调思想纯正禁锢了人们的思想、行为。现在普遍认为中国在宋朝之后逐步落后于西方跟理学在中国占了绝对统治地位有关。
政治挂帅会使人思想僵化。道德挂帅更会僵化人们的思想。