,1352年——1361年??反元起义蔓延全国。元军进剿失败。红巾军三路北伐，重创蒙元。
反元起义迅速蔓延全国。
脱脱见势不妙亲自出马率军镇压。
当时起义军风头最劲的当属芝麻李。芝麻李有勇有谋，出手便占领了徐州及其所属各县。“竖大旗，募人为军，从之者十余万人”。
脱脱率军包围了徐州，昼夜攻打。能发射大石的巨砲不间断地轰击徐州城墙，终于打开一个缺口。元军一拥而入，攻陷了徐州。脱脱下令屠城以儆效尤。
脱脱认为起义军不过是一群乌合之众，不堪一击，令贾鲁率军继续追剿起义军，自己回朝供职。
当时起义军各自为战，缺乏统一调度，给了元军各个击破的机会。元军杀死彭和尚，重创刘福通，击溃徐寿辉，包围了郭子兴。起义军陷入低潮。
但是起义军遍地开花令元军兵不敷用疲于奔命。“日久，粮益乏，士卒咸困”。贾鲁在围攻郭子兴期间得病而死，更加打击了元军的士气。围攻郭子兴的元军没了主帅只得撤围而走。郭子兴转危为安。
随后，盐贩出身的张士诚率部攻克高邮（江苏扬州高邮市），自立为王，宣布建立大周国。
张士诚称王建国让脱脱脸上无光。脱脱调兵遣将去围剿张士诚。
徐寿辉曾经称帝，也是元军重点打击目标。
张士诚、徐寿辉把元军吸引过去，其他各路起义军趁机发展实力。郭子兴的部将朱元璋发展了三万军队。
元军击溃了徐寿辉，但败在张士诚手下。
妥欢帖睦尔大怒，命令脱脱再次出马进剿起义军。
脱脱从全国各地抽调军队。西域、西蕃（西藏）也派兵助战。元军号称百万大军杀向张士诚。
脱脱率军杀至高邮。张士诚率军迎战被脱脱杀败。脱脱包围了高邮，日夜攻打。
高邮旦夕可下。正在这时，一纸圣旨传来，脱脱被妥欢帖睦尔军前解职。原来妥欢帖睦尔听信谗言，怀疑脱脱有拥兵自立的企图，下令削去脱脱的官爵，解散脱脱组建的百万大军。
进谗言的人叫哈麻，靠谄媚得宠。他向妥欢帖睦尔推荐西番僧人传授房中术，以养生为名使妥欢帖睦尔沉溺于淫乐。脱脱离京出征，哈麻暂时代理朝政。他知道脱脱对自己不满，设法阻止脱脱回朝复职。他对皇后说，脱脱对太子不满，打算改立他人。皇后大怒，不断向妥欢帖睦尔诬陷脱脱。有皇后的谗言垫底，哈麻诬陷脱脱聚集百万大军迟迟不能剿灭一帮乌合之众是因为存有私心。妥欢帖睦尔信以为真，于是下令解除脱脱的职务，流放千里之外。哈麻又假传圣旨逼脱脱服毒自尽。
脱脱聚集的百万大军被妥欢帖睦尔勒令解散。百万大军包括各王的私人军队、地方军队、地主武装、吐蕃、西域的援军。哈麻担心脱脱利用这支军队谋反，通过家属向前线将领传话，如果不马上离开脱脱，京城的家属将被灭族。一日之间，百万大军一哄而散。
有些部队在将领跑掉后群龙无首，不知道该何去何从，索性投了起义军。
当时高邮旦夕将下，起义军已经决定投降免死。只是张士诚担心自己作为“匪首”难逃一死，尚且犹豫不决。次日早晨，起义军忽然发现城外的元军不见了！
张士诚咸鱼翻生。
哈麻取代脱脱掌握了军政大权，重新组织兵力进剿起义军。但元军军心已乱，无心作战。
陷入低潮的各路起义军趁机恢复攻势。
当时灾祸不断，不是大旱就是蝗灾、地震，遍地饥民。连京城大都都爆发了饥荒，出现易子而食现象。大量饥民的存在为起义军提供了取之不尽的兵源。起义军的势力重新强大起来。
元帝妥欢帖睦尔身处危局而不自知，依然沉溺后宫。他在淫乐之余又喜欢上发明创造。他亲自画图设计了一艘龙舟。龙舟“行时，其龙首眼口爪尾皆动”。他设计的宫漏更加精巧。宫漏是古代的计时器，相当于后来的钟表，通过控制水或沙流动的速度来计算时间。妥欢帖睦尔设计的宫漏每到整点便有一个仙女浮水而上，与此同时两边的神人开始敲钟，神人旁边的狮子凤凰开始舞蹈。妥欢帖睦尔心灵手巧被人称作“鲁班天子”。
妥欢帖睦尔的英文译音应该是“Tohome-Timer”。他设计的宫漏开始运转之日，也是“回家计时器”被触发之时。蒙古人滚回大草原的日子开始倒计时。
1355年，刘福通立韩林儿为帝，别号小明王，以亳[bó]州（安徽亳州）为都城建立宋国。
各路起义军都奉小明王为盟主，合力向元朝发起攻击。
徐寿辉攻破襄阳、武昌，重新控制了湖北，随后向湖南发展。
朱元璋南下袭取和州（安徽马鞍山和县），击败十万元军，随后攻破长江防线，杀入江南。郭子兴病死。朱元璋接任起义军都元帅，率领起义军进攻集庆（江苏南京）。
张士诚在朱元璋之后也渡江南下，杀向东部沿海地区。
刘福通挥军北伐。“刘福通遣将分略河南、山东、河北，京师大震”。妥欢帖睦尔急忙调兵遣将阻击刘福通。元军在太康（河南周口太康县）击败刘福通，“斩首数万”。
刘福通改变打法，分兵三路，以运动战反围剿。西路军杀向关中。中路军取道山西杀向上都。东路军取道山东杀向大都。元军被迫分兵围追堵截。
河南压力减轻，刘福通趁虚而入杀向汴梁。汴梁守军兵力薄弱，守将弃城而逃。刘福通轻取汴梁，把小明王接来，以汴梁为新首都。
汴梁是宋朝古都。红巾军建立宋国，以汴梁为都大有继承正统的意味。
刘福通之后便留在汴梁修都城、修宫殿，没有全力以赴继续北伐。
先前派出去的三路北伐军孤军奋战，先后失利。
西路军杀入关中，一度杀至长安城下，但遭到元军的反扑后溃败。
中路军洞穿山西杀入上都，将上都焚毁后又东进辽东打败了高丽（朝鲜）。高丽王弃城而逃，红巾军占领了高丽都城开京（朝鲜开城）。占领高丽后，红巾军看到满城的花姑娘忘了自己是干嘛来的了，就地成家不走了。高丽王不久后发起反攻。老丈人、小舅子忽然翻脸，把红巾军从姑娘炕上拖下来一刀砍了。残余红巾军狼狈逃过鸭绿江跑回国内，不想又撞上元军，只好举手投降。
东路军横扫山东一直打到大都的家门口蓟州（天津蓟县）。妥欢帖睦尔吓得不轻，急召四方勤王。勤王军未到，起义军已经杀至漷州（北京通县漷县镇）。妥欢帖睦尔吓得要去“北巡”，被手下死拉活劝才留下来。所幸柳林（北京通州区牛堡屯村）一战，起义军战败撤走，妥欢帖睦尔才稳住心神。
东路红巾军回到山东后重新建立起根据地。这时，芝麻李的部将赵君用率部来投红巾军。红巾军的首领毛贵原先是赵君用的手下，见赵君用落难来投自然不能拒绝。谁承想赵君用却包藏祸心，伺机杀死毛贵，企图吞并东路军独霸山东。毛贵的部将率军报仇，杀了赵君用。山东起义军从此陷入内讧，开始自相残杀。
红巾军三路北伐大军先后失败，实力大损。
但是红巾军北伐也重创了蒙古人的军力。同时，红巾军逼近大都，焚毁上都，也重创了蒙古人的心理。
元军精锐损失殆尽。妥欢帖睦尔现在能依仗的只剩下察罕帖木儿和李思齐两支部队。
察罕帖木儿是居住在颍州（安徽阜阳颍州区）的色目人。祖上随蒙古军队攻陷河南，之后便留在颍州为官。红巾军起义后，察罕帖木儿自己组织了一支军队配合元军与红巾军作战。因为屡立战功，察罕帖木儿不断升官，官至平章事。他的军队也不断扩充，成为元军的主力部队。
李思齐是罗山（河南信阳罗山县）的大地主。红巾军杀到罗山时，他组织了一帮人去和红巾军作战。红巾军为吸引贫苦百姓闹革命，喊出“摧富益贫”的口号，每到一地就开始打土豪分土地。地主豪富纷纷组织军队自卫。李思齐的军队就是其中的一支地主武装。后来也因为战功，李思齐被封为兵部尚书。
红巾军三路北伐时，察罕帖木儿和李思齐奉调进关。他们在陕西联手挫败了红巾军的西路军。西路军残余投降了李思齐。
红巾军的东路军进逼大都时，他俩又奉诏勤王，率军进驻河北。红巾军南撤后，元军也趁机发动反攻。
1359年，察罕帖木儿水陆并进围攻汴梁。刘福通屡次出战都被察罕帖木儿击败，只得死守不出。
经过数月苦战，汴梁弹尽粮绝。察罕帖木儿趁机对汴梁发动总攻，一举攻克汴梁。刘福通在城陷之时率领数百骑兵保护着小明王突围而出，逃往安丰（安徽淮南寿县）。
元军重新占领了河南。察罕帖木儿率军转战山东。
李思齐这时已经完全控制了关中。西路军的残余投降了李思齐。李思齐随即进攻四川，在嘉定（四川乐山）击败明玉珍。
明玉珍是徐寿辉的部将。他随徐寿辉杀入湖北，率军逆江而上去巫峡筹粮。有情报说重庆守备空虚，他率军偷袭得手，占领了重庆。随后他以重庆为基地派兵四出扩张地盘，攻克成都、嘉定、兴元（陕西汉中）等地，最终占领了整个四川。
徐寿辉的部将陈友谅杀了徐寿辉自立为帝。明玉珍不能接受陈友谅以臣弑君，自立为王，与陈友谅划清界限。
1361年，察罕帖木儿趁山东起义军内讧，与外甥扩廓帖木儿兵分两路夹攻山东。起义军抵挡不住元军的攻势，节节败退。红巾军将领田丰和王士诚献城投降。只有益都（山东潍坊青州市）死战不降。察罕帖木儿围住益都日夜攻打。
益都旦夕可下。就在这时候，先前投降察罕帖木儿的田丰和王士诚又后悔了，决定反叛察罕帖木儿。两人设计将察罕帖木儿请到自己的大营，一刀刺死，然后率军投奔益都。
扩廓帖木儿接管了察罕帖木儿的军队，发誓为察罕帖木儿报仇。他身先士卒率军攻城，一举攻陷益都。城陷之后，他把红巾军全部杀死，把田丰和王士诚的心挖出来祭奠察罕帖木儿。
这个扩廓帖木儿的父亲是汉人。他还有一个汉人名字叫王保保。
王保保据守黄河稳定住局势，把起义军限制在南方。